经历
灭蝎双亲
在第二次忍界大战中，砂隐与木叶交战，战场上号称“木叶白牙”的旗木佐云出手斩杀了蝎的父母，因此导致蝎从小内心发生扭曲，并且千代婆婆从此憎恨佐云，直到日后见到旗木卡卡西后误以为是旗木佐云而出手攻击 。
忍者学校
在忍者学校刚开学时，旗木佐云带着年幼的卡卡西前去办入学手续，途中佐云父子与迈特戴父子相遇，佐云友好的向迈特戴打了招呼，佐云希望迈特戴的孩子能与卡卡西好好相处，但迈特戴告诉佐云这个办不到。
由于迈特戴的孩子不会忍术，所以卡卡西十分不堪好他，卡卡西告诉父亲佐云迈特戴的孩子还没有考上忍者学校。而佐云看穿了凯的潜力，凯父子两人走后，佐云严肃的告诉卡卡西，即使考上了忍者学校也不能骄傲，照着想下去，凯这孩子会比你更厉害，佐云让卡卡西记住那孩子的名字，并告诉卡卡西凯迈特·凯会成为卡卡西的好对手。
打破规定
五年后在执行某件极密任务时，作为队长潜入敌方阵营的旗木佐云，被迫做出进退两难的决定：执行任务还是救同伴。根据规定，严禁放弃任务，而他却为了救同伴的命而放弃任务，村里的同伴因村子遭受损失而怪罪于他，最后连被他救出的同伴都开始指责他。旗木佐云身心受到伤害，最终自杀身亡。
再度登场
在佩恩毁灭木叶的战役中，卡卡西主动现身，与佩恩天道和修罗道交战，但最终不敌，为了让丁次将情报成功的转交给纲手，卡卡西耗尽全部的查克拉使出了最后一次神威转移导弹，自此，卡卡西丧生，死后，灵魂遇到了佐云，并将他自己的故事告诉佐云 。
再度相会的佐云父子二人
听完卡卡西的故事后，佐云感叹卡卡西吃的苦很多，也和他一样都死得这么早，但卡卡西说他终于能够理解佐云为了大家而打破陈规的行为，并且卡卡西将佐云视作自己的骄傲，佐云非常感动 。
长门被鸣人说服决定把未来交给鸣人后，使用外道·轮回天生之术将卡卡西和其他在木叶里被佩恩杀死的人复活。佐云走之前，对卡卡西说了“谢谢”，最终，佐云的灵魂得到解放去见卡卡西的母亲
