Miniconda3安装及fastq 安装
Miniconda3安装
任意浏览器输入：tuna anaconda
再次选择：Miniconda3
也可以从下载网址： conda官网：https://conda.io/miniconda.html
Snipaste_2020-03-25_11-01-44.png
选择适合自己的版本，用wget命令下载。
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装命令：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
剩下的基本上Enter+yes.默认安装路径。
Please, press ENTER to continue（此处直接按enter）
===================================
Miniconda End User LicenseAgreement
===================================
.......（此处运行一会儿后不按空格不会继续往下，不要傻等，连续按几次空格，直到出现下面的提示）
Do you accept the license terms?[yes|no]
[no] >>>（这里输入yes，点击enter）
.......
[/home/fly-genome/miniconda3]>>> （会有提示是不是安装在这个路径，直接enter即可）
installation finished.
Do you wish the installer toinitialize Miniconda3
in your /home/you/.bashrc ?[yes|no]
[no] >>> （输入yes，目的是让conda自动配置环境变量）
.......
Thank you for installingMiniconda3!（出现这个代表安装成功）
最后一个也可以选择no
启动conda
在上一步选择no之后，输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢？
找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate
所以在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no。
这里需要给 ''' activate ''' 添加一下权限才能使用
chmod 777 activate
最后 ，将coda加载到环境
source ~/.bashrc
成功启动conda
当命令行前面出现 ''' (base) '''的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入 ''' conda list '''命令就有反应了.
conda list
也可以更新conda
conda update -n base -c defaults conda
添加清华conda镜像源
添加清华源: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes/
如果要使用bioconda也可以添加镜像的同时添加
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
最后
conda config --set show_channel_urls yes
查看channels:
conda config --get channels
移除某个channels：
conda config --remove channels
使用conda/bioconda的过程其实也就是使用conda进行软件的安装和配置过程
主要的使用方法有两种：
直接配置到默认环境（适合root用户安装）
模拟虚拟环境（适合所有用户，有root和没有root都有OK）
fastq 安装
查看当前所有软件列表
conda list
conda search fastqc
安装软件
conda install fastqc -y
【加上-y是自动安装,可以试试不加-y】
也可以安装自己想装的版本
conda install fastqc = 0 . 11. 7
倘若安装出问题
卸载软件
conda remove fastqc -y
