引言

上篇我们系统盘点了相分离研究四大主流数据库的定位与特色，并厘清了“脚手架蛋白”与“客户蛋白”这对关键概念。但光知道定位还不够 ——如何真正上手操作，如何在真实科研场景中灵活运用，才是提高效率的关键。

作为首个专门收录液-液相分离（LLPS）驱动蛋白的综合性数据库，PhaSePro自2020年发布以来，已成为该领域的核心资源。与一般数据库不同，PhaSePro不仅提供蛋白质序列、驱动区域、形成的无膜细胞器（MO）等基础信息，还引入了四套专为LLPS 定制的控制词汇（CVs），对无膜细胞器的功能、分子互作类型、LLPS 决定因素及液态证据进行标准化标注，大大提升了数据的可比性和可计算性。

本篇就从实操层面出发，详细拆解PhaSePro的每个功能模块，并结合典型科研场景，展示如何高效利用该数据库。

1.首页导航

进入PhaSePro首页

▶ 顶部搜索栏支持关键词检索（输入蛋白名称、基因名或UniProt ID均可）；

▶ 首页提供两个精选示例入口 —— FUS和TDP-43，点击即可查看完整的条目页面，是新手快速了解数据结构的最佳路径。

2.浏览（Browse）功能

点击首页的“Browse”按钮，可以浏览PhaSePro收录的所有脚手架蛋白条目。页面中有一个包含所有条目的表格，支持多维度筛选（如物种、实验类型、形成的无膜细胞器等），也支持关键词或正则表达式搜索。点击任意行即可进入对应条目页面。

3.数据下载与API

数据库提供两种数据获取方式：

①　批量下载：在Browse页面筛选出需要的条目集合后，可以JSON、XML或TSV格式下载；也可以直接下载整个数据库的完整快照。

②　REST API：可获取单个条目的JSON格式数据，适合需要批量提取或程序化处理的用户。

4.条目页面解析

以FUS为例，条目页面提供了以下关键信息模块：

①　基础信息（Basic information）

最上方的界面对应这一模块，主要存储蛋白质的通用背景信息：

▶ 来自UniProt的蛋白名称、基因名、物种、NCBI分类号、Ensembl转录本ID；

▶ 形成的无膜细胞器（使用GO细胞组分术语标注）；

▶ 实验证据类型（in vitro、in vivo或两者兼有）；

▶ 是否为多组分系统的一部分（若需其他蛋白共同驱动LLPS，会列出“joined entries”）；

▶LLPS驱动区域：明确标注在UniProt序列上的起止位置，以及该区域的组成/结构域/无序性特征描述。

②　图形化展示（Graphical representation）

第二个界面模块，用可视化方式呈现蛋白质的关键特征：

▶ProtVista viewer：展示蛋白质的全长序列，并叠加注释

a.本数据库标注的LLPS驱动区域（高亮显示）；

b.来自Pfam的保守结构域；

c.来自IUPred2A的固有无序区预测；

d.来自PhosphoSitePlus的翻译后修饰（PTM）位点（磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等）；

e.来自UniProt的序列变异和疾病突变。

▶LiteMol viewer：如果存在与LLPS驱动区域重叠的PDB结构，可以在此进行3D可视化。重叠区域以蓝绿色高亮显示，其余部分为米黄色。

③　LLPS的功能描述（Functional description of LLPS）

第三个文本模块，聚焦相分离形成的细胞器本身：

▶ 对该相分离形成的无膜细胞器的功能进行自由文本描述，并附有参考文献；

▶ 同时使用自定义CV（共8类）对功能进行分类，例如“保护性储存/储备库”、“活化/成核/信号放大/生物反应器”等。

④　LLPS的分子细节（Molecular details of LLPS）

第四个界面模块，深入解析相分离的分子机制：

▶结合伙伴：需要哪些蛋白或RNA才能发生LLPS（如RNA类型有专用模块说明）；

▶其他决定因素：小分子浓度、pH、离子强度等；

▶分子相互作用类型：使用自定义CV标注（共19类），如“多价结构域-基序相互作用”、“卷曲螺旋形成”等；

▶驱动/调控LLPS的关键决定因素与机制：使用自定义CV标注（共6类），例如“是否依赖PTM”、“是否形成膜簇”等。

⑤　调控与疾病关联（Regulation and connection with diseases）

第五个界面模块，展示LLPS的调控因素和疾病关联：

▶影响LLPS的PTM：列出经实验验证的修饰位点及对相分离的影响；

▶影响LLPS的可变剪接异构体：包括直接验证有影响的，以及虽未验证但序列变化位于LLPS驱动区域内的潜在调控异构体；

▶疾病突变：标注dbSNP编号、突变对LLPS的影响（若有实验数据），以及关联的OMIM疾病信息。

⑥　实验信息（Experimental information）

最下方的文本模块，整理了支持 LLPS 结论的实验证据：

▶LLPS验证方法：描述证明该蛋白/系统能发生LLPS的实验手段，并链接到ECO（实验证据本体）术语；

▶液态特征证据：使用自定义CV（共7类）标注支持凝聚体为液态的证据，如“温度依赖性”、“分子动态交换”等。

5.候选蛋白页面（Candidates）

并非所有实验数据都足以完全确认一个蛋白是LLPS驱动者。PhaSePro专门设立了“Candidates”页面，收录那些有证据提示可能驱动LLPS、但尚不能完全确定的蛋白。该页面与Browse页面功能相同，支持筛选和下载，为你提供进一步验证的起点。

6.统计页面（Statistics）

点击“Statistics”可查看数据库的各种统计信息，例如：

▶ 拥有in vivo支持、in vitro支持或两者兼有的条目比例；

▶ 不同物种（真核、细菌、病毒）的分布；

▶ 自定义CV中各类术语的使用频率等。这些统计有助于把握领域整体趋势。

7.提交新数据（Annotate）

如果你研究的蛋白尚未被收录，欢迎通过首页的“Annotate”模块提交。你可以选择：

▶简易在线表单：填写蛋白名称、UniProt ID、文献PMID等基本信息；

▶详细注释模板：下载完整的Excel/Word模板，按照指南提交更全面的信息（包括驱动区域、实验条件、CV分类等）。

数据库团队承诺每年至少更新两次，并严格遵循GDPR。

8.示例场景

▶场景：想快速确认转录因子TAF15是否是已知的相分离脚手架蛋白

▶操作步骤：

①　在PhaSePro首页搜索栏输入“TAF15”

②　如果命中，点击进入条目页，查看其LLPS驱动区域、形成的MLO类型及支持文献

③　如果未命中，说明TAF15尚未被PhaSePro收录——它可能是一名“客户蛋白”（自身不驱动相分离，但被招募进凝聚体），或相关驱动实验证据尚不充分

④　可继续到PhaSepDB 3.0进行补充检索（见下篇），查看其是否以MLO相关蛋白的形式被收录

小结

PhaSePro通过人工curation与自动注释相结合的方式，为LLPS领域提供了高质量、标准化的脚手架蛋白数据资源。掌握其浏览、检索、条目解读及数据下载功能，是开展相分离生物信息学分析的基础。下一篇我们将进入另一个重要数据库 —— PhaSepDB 3.0，敬请期待。

数据库中收录的均为已有文献报道的已知驱动蛋白。若您的研究对象是尚未被注释的新蛋白，或希望在特定样本中系统筛选具有相分离倾向的候选分子，则需要借助实验手段进行高通量鉴定。数据库检索与实验筛选相结合，可大幅提升相分离研究的效率。

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参考资料

Mészáros B, Erdős G, Szabó B, et al. PhaSePro: the database of proteins driving liquid-liquid phase separation. Nucleic Acids Res. 2020;48:D360-D367.