天地初成之时，盘古之心化为一颗真灵，历经沧海桑田，终得人身。他不正不邪，亦神亦魔，为人豁达，结交诸天，仗义九幽，自诩“笑观风云天不如，傲视乾坤任逍遥”。
此灵出自盘古之身，故得天地之造化，集日月之精华，孕洪荒之神力，有吞天灭地之能。神魔两界均欲收归麾下，为己所用，借其盘古后裔之名，凭其无上神力，打败对方，一统三界。
然而，此子并非凡胎，早已识破神魔两道的伎俩，他耍弄天帝，挑衅魔君，看透了神与魔的丑恶嘴脸，决定两不相帮，退隐人间，扶危济困，一心只为解救民间疾苦。后来，天帝率领众神，打败了魔君，将魔族禁锢在魔域之中。从此，天下永享太平。
不知过了多少年月，昆仑之巅突然炸裂，震动天庭，撼惊冥府，也冲击了魔域的封印，沉睡的魔君苏醒了，他决定要唤醒九幽群魔，再次与诸神决战。天帝急忙召集四方天神，共商对策，后经探闻得知，是远古真灵——盘古之心，在昆仑之巅修成百丈金身，故引得天地动摇。
天帝知晓其力量，故而亲临昆仑，虔诚叩拜，盘古之心现身相见，他观天帝统御以来，天下太平，众生得享安乐，不愿见到神魔再战，遂用无上法力重新封印魔君，赦免群魔，让神、人、魔和平相处，一场大战得以消弭。
天帝、诸神以及魔域都感念他的恩德，敬畏他的无边神力，尊其为“神尊”。天帝多次请他入主天界，神尊执意不肯，只愿留在昆仑继续修行。从此，四方天神、九幽群魔、人间帝王无不虔心朝拜昆仑山。千百年来，神尊声威俱盛。
未曾料到，天帝的嫉妒之心也在日益滋长，他害怕神尊会威胁自己的帝位，欲要除掉神尊，但又忌惮神尊的法力与威望，竟然暗暗解封魔君，与之联合，并诬陷神尊正邪不辨，好坏不分，封印魔君，赦放群魔，为的是收买人心，归为己用，以图不轨。他指责神尊为了一己私利，未尽力除魔卫道，留下祸患，致使妖魔游戏人间，涂炭百姓，不配再为神界至尊。
神尊洞察一切，决意关闭昆仑，不再见任何人。
神尊退隐，唤醒后的魔君已无忌惮，他施展诡计，重掌魔域，而后指挥魔域大军直捣凌霄，天界诸神离心离德，不战而败，四方归隐之神，也袖手旁观。结果，天界陷落，天帝被杀，魔君法力大增，傲视三界，欲要灭神杀人，唯魔是尊。
为了不使战火祸及众生，神尊走出昆仑，断情根、绝仁心、诛恶念，率领诸天神、将，一天内就平定了魔君之乱，将魔族赶回魔域。然后，神尊效法盘古，用自己的百丈金身重塑天界，而他的真灵转世下界，不知去向。
来自都市的赵良龙，来自农村的赵羽扬，以及来自孤儿院的武冬，他们三人相聚于北华学院，开始了他们奇异的修仙之旅。羽扬颖悟绝伦、沉着冷静，良龙风流多情、潇洒豁达，武冬面冷心暖、嫉恶如仇。这三人自幼就受到高人指点，修习混元神功，为的就是早成仙体以便迎接将要来临的第三次神魔大战，同时他们还肩负着一个秘密任务——寻找转世在凡间的神尊。
