0.写在前面
研究这个软件，主要是想利用它创建只有CDS区域的注释文件以解决snpEff注释软件的局限性，希望能做到吧。
其具体的，多样的功能见：https://github.com/NBISweden/AGAT
1.安装
1.1. conda
直接conda无疑是最快，最省事的，如果不会卡在Solving environment: 的话
conda install -c bioconda agat
conda update agat
1.2.手动
首先确认环境下有perl，且版本高于5.8
conda env create -f conda_environment_AGAT.yml #创建一个新的虚拟环境
conda activate agat #激活
conda install perl-bioperl perl-clone perl-graph perl-lwp-simple perl-carp perl-sort-naturally perl-file-share perl-file-sharedir-install perl-moose perl-yaml perl-lwp-protocol-https #安装依赖
git clone https://github.com/NBISweden/AGAT.git # Clone AGAT
cd AGAT # move into AGAT folder
perl Makefile.PL # Check all the dependencies*
make # Compile
make test # Test
make install # Install
1.3.Docker或Singularity
没试过，但是需要额外安装这两个软件中的一个，建议当做最终手段
2.工具清单
agat --tools
路径：~/software/AGAT/bin
所有工具前缀都是 agat_，随后的sp_代表该工具是将文件全部读入内存再处理，sq_代表该工具是逐行读入文件，不进行完整性检查（内存友好型）
