AGAT-Another Gtf/Gff Analysis Toolkit

0.写在前面

研究这个软件，主要是想利用它创建只有CDS区域的注释文件以解决snpEff注释软件的局限性，希望能做到吧。
其具体的，多样的功能见：https://github.com/NBISweden/AGAT

1.安装

1.1. conda

直接conda无疑是最快，最省事的，如果不会卡在Solving environment: 的话

conda install -c bioconda agat
conda update agat

1.2.手动

首先确认环境下有perl，且版本高于5.8

conda env create -f conda_environment_AGAT.yml #创建一个新的虚拟环境
conda activate agat #激活
conda install perl-bioperl perl-clone perl-graph perl-lwp-simple perl-carp perl-sort-naturally perl-file-share perl-file-sharedir-install perl-moose perl-yaml perl-lwp-protocol-https #安装依赖
git clone https://github.com/NBISweden/AGAT.git # Clone AGAT
cd AGAT                                         # move into AGAT folder
perl Makefile.PL                                # Check all the dependencies*
make                                            # Compile
make test                                       # Test
make install                                    # Install

1.3.Docker或Singularity

没试过，但是需要额外安装这两个软件中的一个，建议当做最终手段

2.工具清单

agat --tools
路径：~/software/AGAT/bin

所有工具前缀都是 agat_，随后的sp_代表该工具是将文件全部读入内存再处理，sq_代表该工具是逐行读入文件，不进行完整性检查（内存友好型）