2018-10-06 往NCBI上面上传数据

如果你有测序的数据,在文章写完要发表的时候,杂志社可能会要求你把数据上传到公共的数据库,这个时候要学习一下如何上传数据到NCBI,其实网络上已经有详细的教程了,我还是记录一下,下次用的时候方便回忆。

  1. 创建NCBI的账号
    记得邮箱要激活

  2. 点击主页上的submit


    从submit 开始

3.先建立Bioproject
有一系列的值要填写,这个按照自己的样本填写

  1. 再创建biosample
    一个bioproject 可以有多个biosample, 这个biosample 可以在创建bioproject 过程中全部创建好,也可以之后单独创建,到时候link 到同一个bioproject 即可

  2. 创建SRA
    也是按照说明一步一步来,最后link到对应的biosample 和 bioproject中

其实总的来说就是bioproject - biosample-sra

这里面有几个要注意的

  1. 不同的内容会有不同的excel表格要填写,填完之后上传会检测一下是否符合条件
两份excel
  1. 上传最好使用aspera 数据量大的话使用命令行的aspera ,这样更加方便

  2. 出现错误不要慌张,我完全按照流程上传了文件,但是系统检测出现error,我发邮件过去,NCBI那边会帮忙马上解决,服务很不错,有不懂或者更改的,都要发邮件过去咨询。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 212,816评论 6 492
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,729评论 3 385
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 158,300评论 0 348
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,780评论 1 285
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,890评论 6 385
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 50,084评论 1 291
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,151评论 3 410
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,912评论 0 268
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,355评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,666评论 2 327
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,809评论 1 341
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,504评论 4 334
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,150评论 3 317
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,882评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,121评论 1 267
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,628评论 2 362
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,724评论 2 351

推荐阅读更多精彩内容

  • Spring Cloud为开发人员提供了快速构建分布式系统中一些常见模式的工具(例如配置管理,服务发现,断路器,智...
    卡卡罗2017阅读 134,638评论 18 139
  • GEO:Gene Expression Omnibus当文章有NGS data 投稿时候要把你的原始data 上传...
    Ternq8阅读 4,245评论 0 4
  • 【小确幸】 ①双十一了,买买买~ ②为了双十一领导请吃便饭 ③双十一晚上公司动员会,有节目 ④双十一发红包,能抢到...
    熹微林阅读 160评论 0 1
  • 发现吧,这些金融机构,有时候为了赚些利息钱,也真是机关算尽,道行用尽。有些数学不好不爱计算的理财小白们,往往会着了...
    小生爱财阅读 684评论 6 5
  • 那满含香气的麦子 一直在记忆里疯长 时间越久,越温馨 在梦中将我叫醒 在岁月里历久弥香 那时候爸爸那么高大 我却比...
    如意鸿阅读 308评论 3 4