以GSE111229为例
1.下载并保存GEO数据
下载有error可以：设置镜像、翻墙、rm(list=ls（）)一下重试...
library(GEOquery)
GSE_name = 'GSE111229'
options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) #windows系统
gset <- getGEO( GSE_name, getGPL = F )
save( gset, file = 'gset.Rdata' )
2.加载GEO数据
gset包含下载的所有信息
由于gset是列表，故将其转为可操作的数据结构Gset
load("gset.Rdata")
Gset <- gset[[1]]
image.png
3.用GEOquery里的pdata函数获取样本信息
看一下pdata的结构，很明显是数据框
pdata<-pData(Gset)
class(pdata)
View(pdata)
image.png
4.dim查看行列 colnames查看列名
dim(pdata)
colnames(pdata)
完成
法2
直接从GEO网站下载
1.百度搜索GEO
image.png
2.进入sample
image.png
3.输入GEO号search一下，导出即可
image.png
4.获得csv文件，完成
image.png
参考来源：生信技能树
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