首先，要看你想怎么学。
如果你是希望使用Linux做一些非专业性的应用，比如说看视频，玩游戏或者文字工作之类的话，直接用就可以。现代的操作系统在这些方面的其实没有本质的差别，Linux下也有桌面环境(gnome, KDE, etc.)可以让你以类似Windows的体验来完成目标。
如果你希望使用Linux进行软件开发的话有两种选择，一种是使用图形界面的ide(eclipse?)，跟Windows的体验也差不太多，遇到问题一般百度上都有解决方式。
不过作为软件工程的学生，我可以假定你是希望以Linux的方式或者思想进行开发，那么你需要熟悉Linux的基本原理，常用工具，包括但不限于Emacs, vim, grep, bash等等。但是软件工程又是一个很大的题目，你做不同方向的开发需要学习的工具是不太一样的。
所以你的目的很重要，先想好你要做什么，然后再来思考如何去做。我认为这是一种比较有效率的思路。
大多数的开发在Windows和Linux上都可以实现，你说想学习在Linux下的开发我可以假定你希望的是学习Linux下的开发方式或者是思想，或者是想了解隐藏在内部的原理。不过你的问题没有很清晰的描述，所以暂时无法判断。在这里只能给你一些比较通用的建议。
我入门Linux看的是鸟哥的教程
http://cn.linux.vbird.org/
这是一个非常好的教程，在这里你可以学习到基本的系统结构和操作，唯一的缺点是废话太多 。
之后就需要看情况来计划，不同的语言所涉及的工具链可能是不一样的。
我还想向你推荐一本书，Raymond写的UNIX编程艺术。这本书里比较详细的解释了UNIX系统(Linux属于一种类UNIX的操作系统)的设计和开发哲学、思想文化体系、原则与经验，对你了解Linux大有裨益。
