弗洛伊德后期对自己的人格结构说做了较大的修改，他取消了检查作用的概念，提出了本我、自我和超我的新概念，用本我、自我和超我的三部人格结构取代了较为简单的二部人格说。但在三部人格说中，弗洛伊德保留了无意识的概念，无意识的概念仍然是弗洛伊德人格结构理论及整个精神分析学说的基石。
确切地说，本我应该是“人的动物性”。本我是人格中最难接近但又最有力的部分，说它难以接近是因为它潜藏在无意识之中，说它最有力是因为它是人的所有精神活动所需能量的贮存库。让自己欲望获得快乐的方式有两种：一种是反射动作，另一种是想象实现。
自我是人格中理智的符合现实的部分，它派生于本我，不能脱离本我而单独存在。自我的力量就是从本我那里得到的，自我是来帮助本我、而不是妨碍本我的。它总是根据现实的可能性而力图满足本我的要求，因此自我是本我的执行机构。
超我是人格中最文明、最有道德的部分，超我有两个方面：一个是自我理想，另一个是良心。超我是社会道德的化身，按照道德原则行事，他总是与享乐主义的本我直接对立和冲突，力图限制本我的私欲，使它得不到满足。自我在满足本我欲求时，不仅要考虑现实条件的可能性，而且要受到超我的制约。
