生信学习Day7-测序

今天是生信学习的最后一天,我们开始了解一下测序的相关知识。

一、什么是测序

测序,简单来说就是将DNA化学信号转变为计算机可处理的数字信号的一个过程。


测序原理.png

简单来说:

    1. 构建DNA测序文库
      把DNA分子用超声波打断成在一定长度范围内的小DNA片段。目前除了一些特殊的需求之外,基本都是打断为300bp-800bp长的序列片段,并在这些小片段的两端添加上接头,构建出单链DNA文库,以备测序之用。
    1. 测序流动槽(flowcell)
      flowcell是用于吸附流动DNA片段的槽道,也是核心的测序反应容器——所有的测序过程就发生在这里。当文库建好后,这些文库中的DNA在通过flowcell时会随机附着在flowcell表面的槽道(称为lane)上。每个lane的表面都附有很多接头,这些接头能和建库过程中加在DNA片段两端的接头相互配对。
    1. 桥式PCR扩增与变性
      桥式PCR以flowcell表面所固定的序列为模板,进行桥形扩增。经过不断的扩增和变性循环,最终每个DNA片段都将在各自的位置上集中成束,每一个束都含有原来单个DNA模板的很多分拷贝,这一过程的目的在于实现将单一碱基的信号强度进行放大,以达到测序所需的信号要求。
    1. 测序
      向反应体系中同时添加DNA聚合酶、接头引物和带有碱基特异荧光标记的4中dNTP。同时在dNTP被添加到合成链上后,所有未使用的游离dNTP和DNA聚合酶会被洗脱掉。接着,再加入激发荧光所需的缓冲液,用激光激发荧光信号,并由光学设备完成荧光信号的记录,最后利用计算机分析将光学信号转化为测序碱基。这样荧光信号记录完成后,再加入化学试剂淬灭荧光信号并去除dNTP 3’-OH保护基团,以便能进行下一轮的测序反应。

二、测序的类型

    1. 根据测序历史分类


      初步测序.png
    1. 根据研究对象分类


      名词结构化.png
  • 3.测序相关知识网


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