上面几节，已经讲完分子对接得准备阶段及软件安装的过程，后面面对第一个问题就是蛋白大分子得预处理，下面简单得介绍下主要的步骤。
1 在执行vina分子对接过程中，主要的预处理软件事Autodock tools这个软件，前面我们已经介绍过其安装过程，首先打开这个软件；
2 应用该软件打开已经准备好的蛋白分子，注意要放在我们指定的文件夹中；
3 对该蛋白分子进行加氢反应；
4 选择所有的氢原子，点击OK；
5 计算蛋白得电荷；
6 然后将蛋白保存为PDB格式就好，这个蛋白分子是已经加氢完毕；
7 可以直接替换到原来得蛋白分子，点击OK就好，会直接保存在默认文件夹；
8 在Vina分子对接中，应用得格式为pdbqt得文件，所以要在该软件中进行转化。依次点击Grid-Macromolecule-Choose 选择刚才保存的文件；
9 软件会直接保存为pdbqt格式，在我们已经设定好文件夹内
好了，以上就是vina分子对接过程中大分子蛋白得预处理过程，有问题可以关注木初，多多交流。
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