奴儿干都司简称奴儿干都指挥使司位于黑龙江下游恒衮河口汇合口东岸的特林地区，原为元代东征元帅府。这是一个以军事为主的地方军政机构，都指挥使司以下设卫、所。辖区东至海，东北包有库页岛，西至斡难河（鄂嫩河），南接图们江，北抵外兴安岭。
虽然距离有点远的，但明朝政府经常派遣钦差大臣到奴儿干地区巡视。太监亦失哈曾10次前往视察，并在奴儿干都司的山顶上，修建了永宁寺。
明朝是把蒙古人赶走而建立的政权，朱元璋父子数次北伐，不断打击蒙古人的势力，可是在东北则采取的是招抚为主的政策。
而在这个政策的下，北元辽阳行省平章刘益投降了大明，朱元璋便在此设置了辽东卫。后来改辽都卫为辽东都指挥使司，简称辽东都司，作为大明管理整个东北地区的最高卫政机构。
在辽东都司建立后，东北大部分地方都相继归附了大明，只剩下其北部及黑龙江南部地区仍盘踞着兵多将广的北元东北王纳哈出势力。
哈纳出是是成吉思汗时期四杰之一木华黎的裔孙，凭借着雄厚的军事实力成为了北元的丞相和太尉，这里也成为了明朝统一东北的最大的障碍。
洪武二十年，朱元璋派冯胜为征虏大将军，率军20万出征东北。在明军的不断打击下，纳哈出自知实力不敌，最终率余部向明朝投降，此后，黑龙江下游流域的奴儿干等地的元朝故臣多率部纳贡归降。
1402年，朱棣通过四年靖难之役战胜了建文帝，登基为帝，也就是明成祖。刚刚登基朱棣就派人等往谕奴儿干，招抚诸部。
第二年，朱棣在这里设置了奴儿干等卫，永乐七年，在当地官员忽剌修奴的建议下，朱棣决定设置奴儿干都司，统辖各卫所。永乐九年（1411），明成祖朱棣正式开设奴儿干都司，隶属于明朝中央政府。
奴儿干都司对东北地区实际占领管辖作用其实仅仅维持了二十余年。朱棣死后，仁宣两位皇帝采取的是战略收缩政策，因此放弃奴儿干都司是迟早的事。果不其然，在明宣宗时代，将奴儿干都司内迁了。
