组合图-箱线图+显著性+散点图+拟合曲线

今天来学个图吧。

Zhao Y J, Wang S, Liao Z Y, et al. Geographic variation in leaf traits and palatability of a native plant invader during domestic expansion[J]. Ecology, 2024: e4425.
这是文章里的图。我们来试着复现它。


1、准备数据 (如果你有数据,就用自己的数据即可)

(1) 为了创建一个组合图(箱线图+显著性标注+散点图+拟合曲线图),我们需要准备一个包含几个变量的数据集。假设数据集包含如下内容:

Group: 分组信息(例如 GroupA, GroupB, GroupC, GroupD)

Time (d): 时间(作为散点图的 x 轴)

Length (cm): 测量的长度(作为 y 轴数据)

一个简单的示例数据集如下所示(可以作为data.txt文件):

Group列表示不同的组别(例如 GroupA, GroupB, GroupC, GroupD),Time (d)表示时间(单位为天),Length (cm)表示测量值(单位为厘米)


(2)完整来说,数据要简单处理一下子

用代码跑一个示例,进行绘图演示。

用这个跑图即可


2、如何绘制箱线图+显著性+散点图

需要代码dd

结果

组合图-箱线图+显著性+散点图

3、组合图-箱线图+显著性+散点图+拟合曲线

绘图代码需要留言

使用 patchwork 拼接图1和图2

拼接

结果如下

生成一个包含箱线图、散点图、拟合曲线和显著性标记的组合图,用于展示随着时间推移,不同组别的长度变化趋势以及组间的显著性差异。这种图形可以帮助清楚地看到不同组别之间的差异,以及随着时间的变化,各组的趋势如何变化。

4、图片的意义与作用

图1:箱线图与显著性标记(Boxplot with Significance)

箱线图:展示了四个组(GroupA、GroupB、GroupC、GroupD)在不同时间点的长度变化。箱线图能够显示每组数据的分布情况,包括中位数、四分位数及异常值。

显著性标记:图中通过stat_pvalue_manual函数添加了每个组间的显著性差异信息(通过Wilcoxon检验获得的p值)。这些显著性标记被显示为星号,表明组间是否存在统计学差异。

箱线图与显著性标记:帮助快速看到组间的分布差异及其显著性。显著性标记用来判断组间的比较是否具有统计学意义,指示哪些组的变化是显著的。

图2:散点图与拟合曲线(Scatterplot with Fitted Curve)

散点图:展示了四个组在不同时间点的长度数据。每个点代表一个数据点,散点图通过geom_jitter函数添加了噪声,使得数据点不完全重合,便于观察。

拟合曲线:使用线性回归方法来表示不同组别随时间变化的趋势。通过geom_smooth(method = "lm")添加了每个组的线性趋势曲线,这有助于理解每组数据随时间的变化模式,帮助分析组间的变化趋势。

散点图与拟合曲线的结合:帮助展示数据的具体趋势以及组间的差异。

总体来说:箱线图给出了每个组数据的分布情况,帮助了解组间的变异性和差异性;而散点图与拟合曲线则展示了随时间变化的趋势,帮助分析各组随时间变化的规律。这个组合图能够有效地展示不同组别在某一变量(如长度)的分布差异及其随时间变化的趋势。


5、拼接图的整体作用:

通过patchwork包,图1和图2被水平拼接在一起,形成一个综合的展示。这样做的目的是让两种不同类型的图形可以同时展示,方便对比分析。(final_plot <- (p1 | p2) # | 代表水平拼接),可能我屏幕不够大,他没有拼接为一条线,但是也没有影响,哈哈哈。



生物信息学领域非常广泛,难以一次说尽。我们下次继续更新,一起深入学习生物信息学的内容!

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