根据蛋白发生互作的部位，可将检测技术分为体内检测技术和体外检测技术。
体内检测技术的优势是蛋白质的结合在细胞内完成，能够反应天然状态下的蛋白质相互作用，结果更加真实可靠；但不能确定互作蛋白之间是否存在直接相互作用，同时难以检测瞬时相互作用和低丰度蛋白的相互作用，体外检测技术可以弥补上述局限。常用的体外检测蛋白互作技术有酵母双杂交和GST pull down。
GST pull down
原理：将目的蛋白与GST构建为融合蛋白，在体外条件下与待测蛋白孵育，利用GSH微球特异性富集GST融合蛋白，与目的蛋白存在互作的蛋白被同时分离，之后利用WB验证互作蛋白的种类和互作水平。
优势：体外条件下将目的蛋白-GST融合蛋白与待测蛋白孵育，可以排除其它蛋白的影响，因此可以验证蛋白质-蛋白质之间是否为直接互作； 免疫沉淀过程使用GST融合蛋白代替IP级别抗体，更具成本效益，适用于目的蛋白无IP级别抗体，且不能做标签抗体验证的情况。
酵母双杂交
原理：将已知蛋白与DNA结合域（BD）构建为融合蛋白，将待测蛋白和转录激活域（AD）构建为融合蛋白，若两蛋白存在互作则两者相互结合，导致BD与AD在空间上的距离非常相近，发挥完整的反式作用因子功能，启动下游报告基因表达，可通过检测报告基因的表达判断蛋白的互作水平。
优势：可用于研究其他蛋白互作技术难以检测的低丰度蛋白之间的互作，避免了蛋白质纯化或抗体开发过程，大大减少了识别新蛋白质伴侣所需的时间；酵母双杂交是在酵母细胞内进行的，蛋白质更有可能处于其天然构象中，提高实验结果准确性。
