1、第一代测序技术
概述：用的是1975年由Sanger和Coulson开创的链终止法或者是1976-1977年由Maxam和Gilbert发明的化学法（链降解）。
发展：除了Sanger测序技术，还出现了如连接酶测序和焦磷酸法测序，其中，连接酶测序是ABI公司SOLiD技术的测序基础，焦磷酸测序是Roche公司454技术的测序基础。这两者的核心思想都利用了Sanger测序技术可中断DNA合成反应的dNTP。
特点：
（1）平均测序长度大约为250个碱基，准确率较高；
（2）可直接测未克隆的DNA片段，不需要酶催化反应；
（3）适合测定含有5-甲基腺嘌呤，G+C含量较高的特殊DNA片段以及短链核苷酸的序列。
缺点：测序成本高，通量低，速度慢。
2、第二代测序技术
概述：有Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa/HiSeq技术和ABI公司的SOLiD技术。目前，Illumina的测序仪占全球75%以上的市场份额，以HiSeq系列为主。Illumina的及其采用的都是边合成边测序的方法。
步骤;
（1）构建DNA测序文库-超声打断加接头 （2）测序流动槽-吸附流动DNA片段 （3）桥式PCR扩增与变性-放大信号 （4）测序-测序碱基转化为光学信号
特点：
（1）测序速度较第一代，测序成本较第一代低，并且保持了高准确度；
（2）测序读段较短，比第一代测序技术的读段要短很多，大多只有100bp~150bp；
3、第三代测序技术
概述：以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore公司的纳米孔单分子测序技术为标志。
特点：
（1）与前两代相比，第三代测序技术是单分子测序；
（2）测序过程无须进行PCR扩增
（3）具有超长读段，平均可达到10kbp ~ 15kbp，测序过程中这些序列的读段长度是不相等的。
