《夏本纪》讲述了夏朝大禹治水、如何治理九州以及他的后代王朝更迭的故事。
先介绍了大禹的身世，他的父亲是鲧（gǔn），鲧是颛顼的儿子，黄帝的玄孙，名叫文命。尧在寻求可以治水的人的时候，有人举荐了鲧，但尧说他违背天命、败坏家族，不想启用他，但经过大臣的一番劝说后还是让他去做了。后来舜袭得王位，发现鲧没有做出成绩，所以流放了鲧，鲧客死他乡。大禹子承父业。
大禹是个品德高尚，生活简朴的人，因父亲的前车之鉴，所以他努力治水，在外十三年即使路过家门也不回家。他划定九州的土地，疏导道路河流，修筑堤坝，测量山川，因地制宜根据各地土地的品质制定进献贡品纳税的的标准。
文中记录了禹的巡视从冀州开始，分别经过兖（yǎn）州、青州、徐州、扬州、豫州、梁州、雍州，各地不同的地形地貌，不同土地质量和纳贡缴税的标准，以及各有千秋特产。并记录了开通的九条山脉道路、多条河流，具体的地理位置和起点、途径和终点。
大禹和伯夷、皋陶上朝与舜讨论治理人民的话题，提出要修养自身，宽厚待人，理解臣民才能让他们安心工作和生活。可以从一个人的行为来观察他的品德，人要有九种德行，分别为：宽厚而威严，温柔而坚定，厚道而恭敬，有才干而谨慎，和顺而刚毅，正直而温和，直率而廉洁，果断而踏实，强硬而道义。君王处处是臣民的表率，国家才会振兴，百姓才会遵守法度。
舜去世后，让位于大禹，禹建国为夏，姓姒（sì）氏，他分别推荐皋陶作为继承人，但他还没来的及继位就去世了，后来禹又推荐益作为继承人，管理国家。禹在考察各诸侯业绩的时候去世了，葬在会稽（是为会计）山，益继位，他遵照先例把王位让给禹的儿子启（之前舜、禹继位时都有让位的传统，但臣民都信服他们所以都去朝见他们），但因为益管理国家时间不长，臣民不信服他，反而对启十分信服，所以启继位。
启去世后，儿子太康继位，此时王位由禅让制变为了世袭制。太康继位后贪于享乐而被其中一个诸侯国的首领羿所流放，这就是著名的“太康失国”。羿在位是亲小人远贤臣，后来被寒浞所杀。太康死后，他的弟弟中康继位，中康死后帝相继位，帝相死后少康继位，他联合被寒浞灭掉的诸侯国的遗民杀死了寒浞，重新复国，是为少康中兴。之后帝位继续更迭，传到孔甲，他好色不理朝政，夏朝的统治已经衰落。到桀这里时，诸侯大多都背叛了夏，桀不同用德行使臣民归顺，反而用武力去镇压。其中一个诸侯国的国君汤通过高尚的品德让百姓归顺，桀在夏台把他囚禁，之后不久又把他释放了。汤帅诸侯攻打桀，桀逃亡到鸣条，最终死去。汤登上帝位，将夏的后裔封到杞国。
