什么是QQ图？
QQ图，全称quantile-quantile plot，又称为「分位图」它是判断模型假阳性、假阴性的重要指标。
理想的QQ图：刚开始的位点，比如-log10在3之前，都是和均匀分布是一致的，是随机漂变导致的。在大于3之后，均匀分布还是在直线上，但是由于随机漂变+真实位点的存在，开始偏离直线，并且上翘，这些上翘的位点就是我们关注的位点。
所以，好的GWAS分析，有结果的QQ图，都是前期在直线上，后面上翘。有点翘的QQ图才是好的QQ图。
QQ图
理想的曼哈顿图：
GWAS分析中，原理就是SNP位点和控制性状的基因存在LD状态，即SNP的分型可以代表基因的不同分型，所以，真实的显著位点应该是在基因两侧分布的，有一个上升和下降的趋势，比如这样的图：
曼哈顿图
GWAS分析效果好坏重点是看QQ图
如果数据量比较少的GWAS项目，用了不同的GWAS模型，比如GLM、MLM、BLINK、FarmCPU等，这个时候就可以根据QQ图去判断哪个模型更合适你的数据。
比如某老师分享了他的结果，用不同的模型跑了同一套数据，QQ图如下：
7个模型的QQ图
上图用到了7个模型，用的软件是GAPIT（GWAS软件包：GAPIT3它来啦），我们可以看到，根据最好的QQ图的特点，前面应该在一条直线上，后面翘起来。首先可以排除第一个和第二个图，刚开始偏离直线，假阳性较高。第三个图不错，第四个有点飘，第五个不错，第六个后面太高了，第七个不错。综上所述，第3、5,7比较好，最好的应该是第5个，趋近完美。
