在家庭系统排列中，对良知这个词语的理解，较有难度。
书中讲到，良知有三个层次，分别为个人良知、集体良知和伟大良知。而系统排列里所讲的良知，不是我们认为的道德良知。良知是系统排列的核心部分，它可以解释很多现象，如我们内心的冲突，家庭冲突、学校冲突、公司冲突、扩展到社会各层面的冲突，包括国家、民族的冲突等等，都可以用一套最根本的概念去看。而海林格就把这种冲突提炼为这是良知的冲突。
在家庭系统排列里“良知”是用来衡量的。如果做的某些事情让你心里感到罪恶感，你就会觉得自己违背了良知；如果你觉得你做的事情符合良知，你会感到问心无愧。这是海灵格对良知的最初讲解。
经过七年的思考，海林格认为，我们观察到的良知和神学上的良知不一样。良知跟上帝没有关系，他既不是神学概念，也不是道德概念。而是服从于某一群体标准所产生的感受。如果你的各种表现符合群体标准，就会产生所谓的归属感。这个群体可以是一个家庭、一所学校、一家企业、一个组织、一个国家、一个民族、一种文化、一种宗教、一群拥有共同思想的人等。所以个人良知，他可以定义为归属于某个群体的潜意识规则。当人的表现符合其归属的群体潜意识规则时就会感受到心安理得，觉得自己是某个群体的成员；当人的表现不符合其归属的群体潜意识规则时，就会感受到内疚，有罪恶感，觉得自己背叛了自己的群体。自己成为该群体成员的资格就可能被取消、被驱逐。所以良知是进化过程中的产物。
良知不仅仅是意识层面的东西，他甚至会渗透到身体、情绪和文化层面。同一个地区的人，他的思想、文化、语言甚至情感表达方式很多时候都是同步的。同一个时代的人的思想、文化、语言甚至情感表达方式也会同步。所以良知最重要的两个标准：一个是“共”一个是“同”。内容却并不重要，认同、同情你，跟你同病相怜、同声同气的人，是你认为值得信赖的自己人，还有那些跟你有过共同经历的人，你会更加信赖他们。
良知中潜藏着的最深忠诚是同苦与共醉，而不是同甘共乐、共富贵。
在家庭系统排列中，对孩子来说，爱就是共同。共同才能连接在一起，而不同或差异则代表要分开或失去。这种潜规则让他们毫不保留的模仿自己的父母。而当他们长大成人后，这种爱的潜规则仍然发生作用，会让孩子跟着父母受苦，潜意识中的动力就造成了代代相传的痛苦轮回。
系统良知有三大运转法则整体、平衡、秩序。
个人良知背后的正面动机是维护一个群体的生存，一个群体常常要付出无数次惨重的代价，才发现符合一个标准才比较容易活下来，而这一标准必然成为一个不容更改的教条。
良知的背后，全是爱，为了群体生存的爱。当生存问题解决之后，心灵又会产生另外一部分的对话，活下来是为了什么？开始追问这个问题，也就意味着这个群体开始了对心灵成长、对生命意义的追寻。然而与另外一个部分的良知、活着的意义就产生了冲突。所以为了让一个系统更好的成长，就需要另外一种爱，我们称之为觉悟的爱。当那些曾经被屏蔽了灵性与爱的源头连结的人们，一旦被唤醒，就能顺着生命直流的方向走下去，这些人在海灵格那里就被称之为与道同行的人。那意味着你找到生命里最终的力量，并顺着世界的创造走下去。
