软件准备

下载miniconda

cd ~/biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc                ##激活conda

添加镜像

添加国内的镜像站，下载安装包又快又不出错

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

查看conda软件列表
conda list
搜索conda软件包
conda search fastqc #搜索fastqc软件包
安装软件包
conda install fastqc -y #加-y为自动安装，省下很多回车键
卸载软件包
conda remove fastqc -y

conda环境

个人感觉跟创建一个沙盒意思差不多
查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
创建环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #创建一个名为rna-seq的环境#指定python版本为3#安装fastqc包和trimmomatic包
设置默认环境
conda activate rna-seq #设置默认环境为rna-seq
但是下一步输入fasqc是出错了，不知道为什么