EVA不能替代企业的整个绩效评价体系。EVA是评价企业绩效的一个重要而且有特色的指标，但不能代替整个指标体系。任何单一的指标，无论设计多么精巧，优势多么明显，都会在评价效果上存在难以弥补的缺陷。
首先，EVA无法体现企业的社会价值，无法衡量企业在社会经济中的地位。如果从EVA绝对值的对比出发，一家航空制造企业的EVA很可能还没有一个依托其职工社区存在、以职工消费为主要目标市场的超级卖场创造的EVA大。根据EVA的计算方法，EVA评价企业时考虑了股东投入资本的机会成本；但是处于整个商品产业链最终端的零售商场、尤其是对销售渠道具有垄断地位的大型连锁零售企业，却能够借助供应商的资金实现企业的运营；由于其占用了较少的股东资源，也更容易实现EVA值的提高。而对于航空制造业这样的高技术起点、高资金投入、高研发风险的行业，资金需求量不知道要大出几个量级；EVA的提高，更依赖于对投入资本合理使用。难道说，一家航空企业的社会价值还没有一家依托其职工购买能力生存的超级卖场创造的社会价值大？所以，EVA无法准确衡量企业的社会价值，这就是EVA的苦恼。
EVA虽然在企业净利润的基础上，前进了一步，考虑了资金的机会成本。但它和企业净利润一样，是一个反映和衡量企业短期业绩的指标，单一的EVA并没有解决如何对经营者的长期业绩进行考核和激励的难题。企业投入的资本成本越多，在计算EVA时需要增加的机会成本就越大，任何新项目的投资回收期只要超过1年以上，经营者决策时必然会受到影响。因为，所有的资本成本都会在当期的EVA中得到体现，而对于EVA的贡献却要在第2年甚至第N年才能得到回报。那么，保证当期的EVA，还是增加投资为未来创造更好的EVA呢？面对股东紧迫的考核，恐怕每一个经营者都会心中顾虑，这也是EVA的苦恼。
EVA对企业的文化提出了更高的要求。EVA从企业股东收益最大化的角度出发，衡量了企业的投入产出比。但是，恢复了资本逐利本性的EVA，恰恰又陷入了唯财富最大化的怪圈。马克思在《资本论》中深刻指出，资本就是能给我们带来剩余价值的价值。任何一个企业的拥有者或者股东，都渴望把自己的企业做强做大，而这个内动力源于由资本构成的企业的自身需要。而一旦企业以追求股东利益为至高无上的目标，EVA很可能与企业员工的利益、企业承担社会责任的利益发生矛盾，也对企业文化建设提出了更高的要求。
