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Q：群体规模，是作图的最小规模吗？

A：150个个体只是我们推荐的一个规模，如果材料实在比较少，也是可以做的，只要软件能算出来。，一般来说，在可接受的资源范围内，群体规模越大越好。

Q：偏分离标记过高怎么办？在有些文献中，达到了40—50%。

A：在实际情况中，偏分离标记的确会影响图谱的质量，偏分离标记主要和材料本身有关系，在高通量标记出现之前的文章中，因为标记数目有限，有时候为了保证标记数目，会使用上一些偏分离比较严重的标记，但在现今标记数目已经不再是个问题的情况下，我们建议将这些偏分离标记都去除后再构图。

Q：测序的时候可否检测出不是F2的个体？

A：因为F2本身遗传信息就比较丰富，所以对于一般的杂交后代是不太可能分辨出是还是不是F2的，除非这个材料和亲本一样或者完全超出了亲本能包括的遗传信息，简言之，不是来源于该组合后代。对于材料的控制还是在于材料创建过程中。

Q：20×是什么意思？

A：是指测序的深度，简单一点说就是指对该材料测序拿到的数据量相当于该材料参考基因组数据量的20倍，对于特定的位点，有些可能多于20倍，有些可能低于20倍，但是平均在20。

Q：对于无参考基因组的绘图有什么特殊要求吗？

A：没有特殊要求，只是不能使用重测序的方法构图。

Q：上位性和环境效应怎么得到？

A：有多个环境下的表型数据的话，使用ICIMapping软件进行QTL定位的时候可以得到。

Q：关于QTL定位结果，如何理解加性效应的正负？

A：我们一般将一个等位基因在亲本之间的差异分别以1和0表示，加性效应为以1表示的等位基因起的作用，加性效应为正，表示以1表示的该等位基因起的作用为正向，加性效应为负，表示以1表示的该等位基因起的作用为负向，以株高为例，如果等位基因为1的材料是高的亲本，0的材料为低的亲本，加性效应为正的，说明等位基因1增加株高，加性效应为负，等位基因1起降低株高作用。

Q：对于SNP，后代的基因型为什么不直接用碱基表示，而用0/1表示？

A：对于计算交换值，需要同时考虑多个位点的信息，观察后代中相对于亲本的交换类型，0/1是相对于亲本的基因型而言。

Q：F2:3是什么意思？

A：以一般农作物为例，指F2代的单株上收货的种子，再次播种为一个小家系，这样的材料称之为F2:3。

Q：为什么LOD值设为3？

A：LOD值为3的时候，假设检验犯一类错误的概率小于0.05。

Q：biomecator的点数有没有限制？

A：没有具体的限制数，但是在五位数以内一般没问题。

Q：为什么joinmap里面卡方值和在excel里面计算的有出入？

A：JoinMap在计算之前，为了更好的得出一个可信的结果，对原始数据的一些缺失做了一定的修正。

Q： JionMap中的相似度是什么意思？

A： 相似度是指各个标记的在全部材料中基因型的相似度。这些值可以用于冗余标记的剔除。

Q：在一个LOD值下，会不会有些染色体对应的连锁群分了好几段，有些则刚刚好？

A：这种情况很常见，因为不同染色体上的标记连锁强度都不一样，在一些染色体上如果有一些相对比较大的GAP，那么在相同的LOD值下，这些染色体就会在这些GAP位置分为不同的连锁群，对于这种情况，我们有经验的工程师会根据实际情况，对于这些染色体选择一个没有将其分为多段的LOD值。

Q：为什么用JoinMap绘图的时候，很多标记都连不上？

A：这种情况会有，但是在消除偏分离和缺失数据的影响后，在设置里面选择三轮作图，这种情况会减少很多。

Q：用Joinmap,marker的name字符串不能超过20，如何设置超过20的？

A：在excel里面统一更改即可。

Q：CP群体定位的结果有加性或者显性效应吗？

A：CP群体只能得到贡献率。

Q：图谱整合什么意思？

A：通过同一物种不同图谱间的相同标记作为中介，把多个图谱整合为一张图谱，丰富图谱信息。

Q：图谱整合会不会改变原来标记的位置？

A：图谱整合利用了多个图谱的遗传信息，在有些情况下，比如在子图谱间存在着顺序差异，那么会发生改变，但这种改变是考虑了多个图谱的信息之后得出的一个更加可信的顺序位置。

Q：整合图谱后能做QTL分析吗？

A：可以，我们一般把利用多个群体信息的QTL分析称为meta-QTL分析。

Q：亲本相同，子代构建背景不同的2个群体可以做整体图谱吗？

A：可以，只要有相同标记即可。

Q： WinQTLcart2.5和ICimapping,哪个软件更适合RIL群体做定位分析？哪个软件检测能力强一点。

A：2个软件都适合做RIL群体的分析，但是WinQTLcart2.5相对于ICimapping更能找到一些效应值比较小的QTL。

Q：一般什么原因会导致实际连锁群比理论连锁群少？

A：这主要分为2中情况，一种是标记覆盖度不够，还有就是LOD值设置过低。

Q：对于CP群体，可不可以不做中性图，只用一张性别特异图谱做QTL定位？

A：可以，但是只是依据一个亲本的情况，定位结果会不够准确。

Q：使用相邻标记连锁关系的热图评价连锁图谱，是不是这样理解：横纵坐标都是排好序的marker，具体的值是两个marker间的重组率的值（或者说是LOD值），作图的文件可以看作是一个对称的矩阵，所以最后作出来的图也是对称的。

A：描述基本正确。

Q：WINQTL结果中，LOD1_L，LOD1_R，LOD2_L，LOD2_R是什么意思？

A：这是指QTL置信区间的左右边界，LOD1表示99%的置信区间，LOD2表示95%的置信区间