#简介
Dssp是用来模拟蛋白二级结构的插件,可以方便的利用Biopython调取,然而在使用过程中无法顺利进行,原因是系统内没有定义Dssp的path并正确连接dssp服务器,解决办法是一行代码
#安装方法
1. 先在python中安装biopython包
2. 在terminal中输入conda install -c salilab dssp
#输出:
row[0]对应氨基酸序列的排序
row[1]对应氨基酸序列
row[2]对应二级结构
row[3]对应相对可及性(relative solvent accessibility, RSA)
#row[2]每个字母的意义:
G = 3-turn helix (310 helix). Min length 3 residues.
3折螺旋,最小长度3个残基
H = 4-turn helix (α helix). Minimum length 4 residues.
4折螺旋(阿尔法螺旋),最小长度4个残基
I = 5-turn helix (π helix). Minimum length 5 residues.
5折螺旋(派螺旋),最小长度5个残基
T = hydrogen bonded turn (3, 4 or 5 turn)
氢键转角
E = extended strand in parallel and/or anti-parallel β-sheet conformation. Min length 2 residues.
平行或反向平行贝塔折叠构象的扩展区域,最小长度2个残基
B = residue in isolated β-bridge (single pair β-sheet hydrogen bond formation)
一对贝塔折叠氢键形成的在贝塔连接桥外的残基
S = bend (the only non-hydrogen-bond based assignment).
弯曲
- = coil (residues which are not in any of the above conformations)
无规则卷曲
#性质
常见蛋白二级结构的稳定性和功能:
1)稳定性:
右手α螺旋>β折叠>β转角>无规卷曲
2)功能:
蛋白质的功能部位与酶的活性中心通常由无规卷曲充当,α右手螺旋和β折叠一般只起支持作用