安装DSSP过程中遇到的问题

#简介

Dssp是用来模拟蛋白二级结构的插件,可以方便的利用Biopython调取,然而在使用过程中无法顺利进行,原因是系统内没有定义Dssp的path并正确连接dssp服务器,解决办法是一行代码


#安装方法

1. 先在python中安装biopython包

2. 在terminal中输入conda install -c salilab dssp


#输出:

row[0]对应氨基酸序列的排序

row[1]对应氨基酸序列

row[2]对应二级结构

row[3]对应相对可及性(relative solvent accessibility, RSA)


#row[2]每个字母的意义:

G = 3-turn helix (310 helix). Min length 3 residues.

3折螺旋,最小长度3个残基

H = 4-turn helix (α helix). Minimum length 4 residues.

4折螺旋(阿尔法螺旋),最小长度4个残基

I = 5-turn helix (π helix). Minimum length 5 residues.

5折螺旋(派螺旋),最小长度5个残基

T = hydrogen bonded turn (3, 4 or 5 turn)

氢键转角

E = extended strand in parallel and/or anti-parallel β-sheet conformation. Min length 2 residues.

平行或反向平行贝塔折叠构象的扩展区域,最小长度2个残基

B = residue in isolated β-bridge (single pair β-sheet hydrogen bond formation)

一对贝塔折叠氢键形成的在贝塔连接桥外的残基

S = bend (the only non-hydrogen-bond based assignment).

弯曲

- = coil (residues which are not in any of the above conformations)

无规则卷曲


#性质

常见蛋白二级结构的稳定性和功能:

1)稳定性:

右手α螺旋>β折叠>β转角>无规卷曲

2)功能:

蛋白质的功能部位与酶的活性中心通常由无规卷曲充当,α右手螺旋和β折叠一般只起支持作用

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