一、服务器使用
登录：ssh 用户名@服务器地址
退出： control+d
使用scp命令实现上传下载
1、从服务器上下载文件 scp username@servername:/path/filename /Users/mac/Desktop（本地目录）
例如:scp root@123.207.170.40:/root/test.txt /Users/mac/Desktop就是将服务器上的/root/test.txt下载到本地的/Users/mac/Desktop目录下。注意两个地址之间有空格！
2、上传本地文件到服务器 scp /path/filename username@servername:/path ;
例如scp /Users/mac/Desktop/test.txt root@123.207.170.40:/root/
3、从服务器下载整个目录 scp -r username@servername:/root/（远程目录） /Users/mac/Desktop（本地目录）
例如:scp -r root@192.168.0.101:/root/ /Users/mac/Desktop/
4、上传目录到服务器 scp -r local_dir username@servername:remote_dir
例如：scp -r test root@192.168.0.101:/root/把当前目录下的test目录上传到服务器的/root/ 目录
注：目标服务器要开启写入权限。
在服务器安装anaconda3
$ wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh # 64位系统
（实验室服务器没联网，就用mac下载后scp传到服务器）
$ bash Anaconda3-5.3.0-Linux-x86_64.sh
手残，安装路径添加到环境变量没写yes，覆盖安装
$ bash Anaconda3-5.3.0-Linux-x86_64.sh -u
这次，添加到环境变量后，
为了激活安装， 你应该源~/.bashrc文件：
source ~/.bashrc
完成后， 你可以通过使用conda命令来验证安装，例如list：
conda list，成功。但是没网，就需要用啥装啥。
删除语句
Linux中删除文件的命令叫移除。bash shell中删除文件的命令是rm
使用-i命令参数会在删除前提示你是不是要真的删除该文件，因为文件一旦删除就无法找回
使用rm filename或rm -f filename直接删除文件
该命令会直接删除文件，不会给出提示
使用rm -ir filedir命令
该命令需要确认每个文件是否要被删除，如果文件过多会非常繁琐
使用rm -rf filedir
该命令会直接删除文件夹，不会给出警告信息和提示
接下来，学习snp calling
https://www.jianshu.com/p/859c0345624c
fastq到bam
fasta和fastq https://www.jianshu.com/p/50ff302d049f
#!/bin/bash
结论：第一行的内容指定了shell脚本解释器的路径，而且这个指定路径只能放在文件的第一行。第一行写错或者不写时，系统会有一个默认的解释器进行解释。
把ref文件夹复制到另一个文件夹以便练习
cp -r /home/yy/Arb_model/ref/* /home/yy/snptest/ref2
rm -rf ref2（删除目录）
cp /home/yy/Arb_model/ref/E.coli_K12_MG1655.fa /home/yy/snptest/ref2/E.coli_K12_MG1655.fa (拷贝，mv剪切）
samtools faidx E.coli_K12_MG1655.fa（建立索引）
samtools faidx E.coli_K12_MG1655.fa NC_000913.3:1000000-1000200（查看序列特定序列）
quality control:
NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
https://www.jianshu.com/p/a8935adebaae?utm_campaign=maleskine&utm_content=note&utm_medium=seo_notes&utm_source=recommendation
创建一个小脚本
vim trimmotest.sh
java.io.FileNotFoundException: /sevzone/home/yy/snptest/home/yy/Arb_model/tools/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-PE-2.fa (没有那个文件或目录)
路径出现问题
编辑sh：i开始编辑 esc ：wq保存退出
./trimmotest.sh(运行脚本）
ILLUMINACLIP: Using 1 prefix pairs, 4 forward/reverse sequences, 0 forward only sequences, 0 reverse only sequences
Input Read Pairs: 643253 Both Surviving: 595194 (92.53%) Forward Only Surviving: 36187 (5.63%) Reverse Only Surviving: 1470 (0.23%) Dropped: 10402 (1.62%)
TrimmomaticPE: Completed successfully
但是没有给输出文件路径，所以很乱。路径很重要。
