未来MES技术的发展方向和趋势：MES与客户关系管理CRM的进一步整合 MES企业管理软件 将更加面向市场和面向顾客，通过基于知识的市场预测、订单处理与生产调度、基于约束调度功能等进一步提高企业在全球化市场环境下更强的优化能力；并进一步与客户关系管理CRM结合，实现市场、销售、服务的一体化，使CRM的前台客户服务与MES后台处理过程集成，提供客户个性化服务，使企业具有更好的顾客满意度。
MES与电子商务、供应链SCM、协同商务的进一步整合：MES将面向协同商务（Collaborative Commerce），支持企业与贸易共同体的业务伙伴、客户之间的协作，支持数字化的业务交互过程；MES供应链管理功能将进一步加强，并通过电子商务进行企业供需协作，如汽车行业要求MES的销售和采购模块支持用电子商务或EDI实现客户或供应商之间的电子订货和销售开单过程，MES将支持企业面向全球化市场环境，建立供应商、制造商与分销商间基于价值链共享的新伙伴关系，并使企业在协同商务中做到过程优化、计划准确、管理协调。
尽管MES对企业的营运、管理及后续信息化工作是如此重要，但IT部门在该系统上仍 有不少问题有待克服。根据近期Aberdeen Group对于920家企业的调查发现，年营业额小于新台币约15亿的企业，建置MES平均得支出约1,000万的费用；更大型的企业(营业额介于新台币 约30亿~75亿)则需要付出约4,200万的代价。至于在导入时程方面，该调查指出，平均一套MES系统建置完成所需的时间大约为10个月。
另一份针对企业高阶CFO所做的研究调查，也对MES的成本做出了相同结论。以中型 企业为例，光是建置第一年花费在MES授权、服务(包含升级、整合与顾问)及维护的费用，平均就高达新台币约3,200万元，而且这还不包括系统导入、项 目管理、使用者训练及IT支持…等项目，如果再考虑到后续每年要支出的维护、系统升级与定制化费用，“想要建置一套MES系统，企业所要付出的成本真的高 得吓人。”Forrest Research在其报告上这么表示。
定制化所带来的成本与时间压力
除了付不完的成本之外，根据《2009 IT决策者关键调查报告》，MES系统最让IT人员感到困扰的问题还有：复杂的系统整合工作、未能针对特定商业策略进行定制化、有用的信息存取或捞取困 难，以及系统难用或不直觉等状况。特别是在系统定制化的部份，依据针对CFO的调查报告，“有80%的受访者表示，为因应公司独特的营运策略与作业环境需 要，MES系统必须进行适度的调整与延伸。”也就是说，为了要让MES顺利上线，企业还必须额外增加功能与模块、重新改写核心应用程序、调整输出数据、改 善系统效能，并且将所采用的IT技术进行更新。
由于MES代表着公司营运策略模式，以及其整体管理与运用内外资源的方法，换句话 说，“无论企业是要采用全新措施或现有作业强化、增加合作伙伴或工作外包、集中或分散化组织管理、固定或改变报告数据要点等项目。”陈铭昆表示：“只要对 企业价值链产生变化，MES系统也就必须跟着翻新。”而根据针对CFO的调查报告，一个导入MES的企业，平均得为此每年支付约新台币3,600万的开 销。
“由于每家公司的定位与策略不同，全世界没有哪两个单位的组织或运作模式会一模一 样。”北科大陈铭昆说：“也就是说，‘每家企业所拥有的MES系统，一定都有差异’。”而连展张瑞益亦认为：“当组织发展到一定规模与程度后，特别是有能 力主导市场的大型企业，一定都会产生专属于自己一套的游戏规则与作业方式，也就是进行‘差异化’的策略。”因此“定制化”对于MES系统而言是正常存在的 现象，问题只在于：如何减少企业在“定制化”过程中的开支，以及缩短其安装上线所需的建置导入时间。
