序列比对软件(其他类似软件:muscle, T-Coffee, ClustalW)
软件网址:https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/manual/manual.html
用conda安装mafft
conda create -n mafft
conda install mafft
进入mafft环境
conda activate mafft
mafft --version
运行程序
#序列对齐
mafft --auto in.fa > out.fa
#分组比对
mafft-profile group1.fasta group2.fasta > output.fasta