1. 前唠
reago，这是一个跟基因统计有关的软件。请原谅我这个粗糙的说法吧，对于生物学，我是个外行，尽管与生物学有四年尘缘，但是我现在跟着计算机老大混日子，往事不可追。。。
闲话少叙，言归正传。
还得补一句废话：这个软件我 没跑通，所以要不要继续读下去，自己做决定（逃）
2. 概述
reago 有两个依赖，分别是infernal 、Readjoiner,所以需要安装三个软件。只有三个？远远不止，往下看：
注意事项
- 不支持windows系统，支持linux，貌似支持mac，欢迎有志之士趟坑（windows不是python不支持，而是那两个依赖不支持）
- pyhton请使用2.7版本（可见，这个软件有些年头了，也没什么人维护，两年没更新了，有bug太正常了）
3. 安装记录
3.1 reago
- 版本：1.1
- 项目地址：github
- 环境：pyhon2.7
3.1.1基本步骤
下载压缩包，解压即可，也可以下载git,通过git 安装：
//下载git
yum install git
//安装reago
git clone https://github.com/chengyuan/reago-1.1.git
3.1.2 问题
- 问题描述： github上的README执行命令：
python reago.py filter_out/filtered.fasta sample_out -l 101会出现如下保错：
ImportError: No module named networkx
- 原因：缺少networkx模块
networkx在2002年5月产生，是一个用Python语言开发的图论与复杂网络建模工具，内置了常用的图与复杂网络分析算法，可以方便的进行复杂网络数据分析、仿真建模等工作。
networkx支持创建简单无向图、有向图和多重图；内置许多标准的图论算法，节点可为任意数据；支持任意的边值维度，功能丰富，简单易用。
出处
- 解决方法：
- 安装pip，我默认的centerOS系统没有安装pip,安装方法：
wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
python get-pip.py
2.安装完成后，测试安装成功与否：
//如果成功会出现版本号，当前版本19.0.3
pip -V
3.安装networkx
pip install networkx
//安装完成后会出现类似如下提示
Successfully installed decorator-4.4.0 networkx-2.2
3.2 infernal
3.2.1 基本步骤
- 下载安装包
在/opt（按个人喜好选择）目录执行：
wget http://eddylab.org/infernal/infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz
- 解压
tar -zvxf infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz
- 进入解压完的文件夹
- 运行configure
./configure
5.运行：
make
make check
make install
3.2.2 问题：
- 执行
./configure命令失败，查看config.log，发现如下错误：
configure:2596: error: no acceptable C compiler found in $PATH
查阅文档发现是由于缺少gcc包，安装gcc：
yum install gcc
继续执行 ./configure ，成功。
注意事项
不要使用github下载源码的方式构建，因为文档中安装hmmer有 git checkout h3-master 这个命令，但是hmmer早已更新，该分支不存在，故无法成功执行。
3.3 Readjoiner
- 版本：1.5.10
- 可选安装包列表：linux
- 安装文档：无
- 下载安装包
在/opt（按个人喜好选择）目录执行：
wget http://genometools.org/pub/nightly_builds/gt-1.5.10-Linux_x86_64-64bit.tar.gz
- 解压
tar -zvxf gt-1.5.10-Linux_x86_64-64bit.tar.gz
- 设置环境变量
根据需要进行设置，
参考
这里使用临时环境变量（shell关闭该变量就消失）：
export PATH=/opt/gt-1.5.10-Linux_x86_64-64bit/bin:$PATH
4.使用
参考这里：https://github.com/chengyuan/reago-1.1
一共两个命令：
- 第一个命令：
python filter_input.py sample_1.fasta sample_2.fasta filter_out cm ba 10
这个命令执行后就阻塞了，程序没有停止，电脑呜呜地响，应该是执行什么耗资源的计算，打印一行字：
Indentifying 16S reads
然后。。。再没有然后，就这样一动不动。。。
- 第二个命令
python reago.py filter_out/filtered.fasta sample_out -l 101
跑完保错：
gt: error while loading shared libraries: libpango-1.0.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
gt: error while loading shared libraries: libpango-1.0.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
Traceback (most recent call last):
File "reago.py", line 848, in <module>
G = create_graph_using_rj(read_db, "graph")
File "reago.py", line 142, in create_graph_using_rj
f = open(output_dir + "/rj/" + graph_fn + ".set.des")
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'sample_out//rj/graph.set.des'
等后续解决吧
