HISAT2 比对回基因组

hisat2比对回基因组

!/bin/bash

定义参考基因组索引文件前缀（不是路径）

GENOME_INDEX="~/carp_RNAaeq/02_hisat2Mapping/xxxxx" 错（绝对路径）

定义输出目录

INPUT_DIR="~/carp_RNAaeq/01_trimmomaticFiltering" 错（绝对路径）
OUTPUT_DIR="~/carp_RNAaeq/02_hisat2Mapping" 错（绝对路径）

使用的线程数量

THREADS=4

定义配对文件数组

declare -A paired_files=(
[RB1]="RB1_F_paired.fq.gz RB1_R_paired.fq.gz"
[RB2]="RB2_F_paired.fq.gz RB2_R_paired.fq.gz"
[RB3]="RB3_F_paired.fq.gz RB3_R_paired.fq.gz"
.
.
）

循环遍历配对文件并运行Hisat2比对

for sample in " ${!paired_files[@]}"; do files=($ {paired_files[ $sample]}) F_READ=$ {files[0]}
R_READ= ${files[1]} OUTPUT_SAM="$ OUTPUT_DIR/${sample}.sam"

echo "正在处理样本 $sample ..."
hisat2 -p $THREADS -x $GENOME_INDEX -1 $F_READ -2 $R_READ -S $OUTPUT_SAM

echo "样本 $sample 比对完成，结果保存在 $OUTPUT_SAM"

done

echo "所有样本比对完成。"

执行以上脚本

chmod +x run_hisat2_paired.sh
nohup ./run_hisat2_paired.sh > hisat2_mapping.log 2>&1 &