skr.sh
github:https://github.com/sunhaifeng123/skr.sh
# 用法:
usage:
bash skr.sh [your sequence] [ATCG.txt] [mismatch] [result_name]
example:
bash skr.sh CCCCA chr.fa 1 result.txt
# 目标文件格式:
chr.fa
# 不允许mismatch,即完全匹配的命令:
mismatch=0
# 允许一个mismatch
mismatch=1
# 允许两个及以上的错配比较复杂,待更新
# 用于fasta格式和fastq格式的待更新