R语言基础
准备工作
- 《R for Data Science》
- 查看电脑用户名是中文还是英文
下载R和Rstudio
-
R studio
新建脚本
image.png
file.edit('~/.Renviron')#新建空白文本
#在这个文本中输入
R_LIBS_USER="D:/Rlib"#R包装到这个目录
#关闭文件 保存
file.edit('~/.Rprofile')
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
CRANextra = "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran
- BiocManager(解决bioconductor下载困难问题)
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phyloseq")
#以下都不能运行
#把这个文件下载到本地并打开https://bioconductor.org/biocLite.R 在开头加上这 两行？？？
#把这个biocLite.R文件复制到R当前的工作环境下面
source("biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite()
source causes R to accept its input from the named file or URL or connection or expressions directly. Input is read and [parse] from that file until the end of the file is reached, then the parsed expressions are evaluated sequentially in the chosen environment.
- Rcan上的包，直接安装，比如神包tidyverse
install.packages("tidyverse") - 如果是bioconductor上的包，比如GEO芯片的差异分析包limma
BiocInstaller::biocLite("limma")
认识R R STUDIO
plot(rnorm(50)) #必应查查plot和runif什么意思
设置字体大小
R语言基本操作
1.用Rproject管理工作目录
https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA
设置工作目录：setwd()
查看工作目录：getwd()
-
新建project
image.png - 打开 R project
文件夹中双击R project 打开
getwd()# 工作目录为你所在的文件夹
2.显示文件列表
dir()
list.files()
👆---重复上一步
3.加减乘除
4.赋值 <- alt-
x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x
5.删除变量
6.列出历史命令
history()
7.清空控制台
ctrl+l
