关于分子生物学的顺反式
顺式作用：cis-acting，同一染色体上的DNA序列直接调控其他邻近基因的表达。即DNA对DNA，强调的是距离近，并且是DNA对DNA的调控
常见的顺式调控元件是增强子，启动子，沉默子
反式作用：trans-acting，DNA通过其产物（mRNA或蛋白质）间接调节基因的表达。用以描述基因元件的专有名词，如阻遏物基因与转录因子基因，它们可以影响位于不同染色体上的其他基因。这些反式作用基因通过产生能远距离作用的可扩散物质发挥功能
lncRNA的顺反式调控
文献《Functional Classification and Experimental Dissection of Long Noncoding RNAs》中对lncRNA的顺反式调控进行了讨论
对于顺式调控目前有三种类型：
1.lncRNA通过招募调节因子调节临近的mRNA基因的表达，（这里强调的是距离），比方说lncRNA结合到了临近mRNA基因的染色体大沟中，使得该mRNA基因在转录时pol ll由于空间阻塞无法结合，导致转录受抑制（本质上是由于lncRNA改变了临近mRNA基因的空间结构，从而影响mRNA的表达）
2.距离相近的lncRNA基因和mRNA基因若同时转录，由于转录所需的TF和pol ll等在空间中产生竞争，导致mRNA的转录效率下降。（这里同样强调距离，但是真正影响mRNA表达的是转录的空间阻塞，而不是lncRNA转录物）
3.lncRNA编码基因区含有mRNA的顺式调控元件，那么当lncRNA开启转录时，下游的mRNA就无法进行转录的增强，开启或，（这里强调的是顺式作用元件，如果含有的是增强子序列，那可能距离因素不是一个区分的重要因素）
因此，定义lncRNA顺式调控的因素，一个是lncRNA基因与调控的mRNA基因的距离，第二个是看lncRNA编码区是否含有某些mRNA基因的顺式作用元件
对于反式作用因子也有三种形式：
1.lncRNA调控mRNA基因表达，但是调控的mRNA基因要远离lncRNA编码的位点（考虑到距离因素），可能也是改变远端mRNA基因的空间结构，从而影响该mRNA的表达。因此从这个角度区分顺反式调控实际上是在考虑距离因素
2.lncRNA影响核的结构，从而影响mRNA基因的表达（其中一个例子是lncRNA影响核斑，从而影响基因表达，核斑是一类蛋白质，属于反式作用因子）
3.lncRNA通过影响反式作用因子或者其他具有调控功能的RNA分子来影响基因表达
总结
区分lncRNA的顺反式调控的依据主要有两个，一个是距离，另一个是是否与顺式作用元件（顺式调控）或者反式作用因子（反式调控）发生作用
