2023-03-22如何批量更改fasta文件的序列名称

今天给大家分享一个批量修改fasta文件序列名称的python脚本

#!/usr/bin/env python
import sys,re

in1=open(sys.argv[1],'r')
out=open(sys.argv[2],'w')

num=0
for eachline in in1:
    m=re.match(">",eachline)#查找以>开头的行
    if m:
        num+=1
        out.write(">AP%s\n"%(str(num)))#将查找到的行修改为>AP1....
    else:
        out.write(eachline)

in1.close()
out.close()

运行代码

python rename.py 原文件 修改后的文件
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