己糖激酶预测分析

开放阅读框预测

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

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• 复制氨基酸序列

>lcl|ORF1
MNFFLFFYTSLVTMSSLYDVPGYTKDTLYNVYYEYQLHLTENINNMIICD
DIKQTLVEDIPLNVDIKKCEFNIAILDVGGSFFKIAVINIKVVDGKLKTE
TTSVKNFEYPIESKNEQIFWYDWVSDKFVEYMLNNDIKTDLSSLIFSYPI
KYKGGKSMPMALAKHWCFEFEETLKSDLKETLNHAIKNKLFDNLTSLDST
VDSTGLLVNCVLNDSVATFLSSKVILDDIAIGIILGTGTNGSFIIKCEDK
EYVYNAEWGSFVPKSLALTDEETDFINSLQKKYNLMDILIGNGYKCGLIN
QIIKTRSLNLIEIEGDCVKHILQKDDDDEHKIILQKLIYRSRQLMSMLVC
GSINVIKANKICILLNGSGYSDDCERQALLKMIQNYAKEICDLDVEIKIH
YEEGLTFIGAAYYSLVKFLNENVKPKKTMN

用这个网站做特征分析https://www.expasy.org/resources
这些序列采用在线网站 （http://doua.prabi.fr/software/cap3）上进行序列拼接，得到拼接序列在进行blast同源检索，得到的EST序列再次拼接，重复上面过程，最终得到完整的cDNA.用该序列进行开放阅读框预测，得到氨基酸序列。并且采用在线网站http://www.expasy.org/resources/和在线网站http://www.cbs.dtu.dk/services/ProtFun/ 中的Protparam、CDD、HMMTOP、SignalP 4.1 Server、ProtScale、SOPMA、CPHmodels、SweetMollyGrace、Protfun、NetPhos 3.1 Server等生物信息软件对蛋白质的理化性质、保守结构域、跨膜结构域、信号肽、极性、二级结构、三级结构、功能、磷酸位点等预测和分析。

• 极性

• 分子质量

• 等电点

• 信号肽

  
  
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• 跨膜结构域

  
  
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• 磷酸化位点

• 糖基化位点

• 二级结构

• 三级结构

• 进化树
  家蚕微孢子虫、蝗虫微孢子虫、蜜蜂微孢子虫、东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫......