软件安装

                              linux如何安装软件?

1. 了解conda - Linux的软件商店(听说很好用)

    Bioconda (http://bioconda.github.iominiconda)主要负责生信领域。

2. 下载 miniconda

  (1)  通过百度或者谷歌搜索“miniconda 清华”-也就是清华的conda镜像网站

    (2)  查看服务器是多少位的:输入命令 uname -a

查看成功

  (3)新建并进入 biosoft文件

进入文件

  (4)用wget 命令下载miniconda

下载完毕

(5)安装miniconda

安装成功

(6)激活并添加镜像  source ~/.bashrc

查看channels: conda config --get channels移除某个channels:conda config --remove channels

(7)查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list并搜索conda软件fastqc

                                                      conda search fastqc  进行中

(8)搜索完毕并安装软件 conda install fastqc -y

          安装软件:conda install 软件名称(ex.cutadapt)

          软件更新 : conda update 软件名

          搜索软件: conda search fastqc

          安装特定版本软件: ex. conda install bwa=0.7.12

          软件卸载: conda remove 软件名

          conda 卸载 rm -rf ~/miniconda3

            环境变量中去掉conda, vi ~/bash_profile 删除conda路径,退出保存(:wq)

(9) 卸载软件 conda remove fastqc -y

(10)conda 环境 conda info --envs(目前只有一个)

(11)处理转录组数据。先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的,不是要你学python或者用它干什么)(时间问题,此部分为粘贴部分)conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

(12)查看目前的conda环境  conda info --envs, 激活新的conda环境 conda activate rna-seq,然后退出当前环境conda deactivate

    开心!!!!


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