linux如何安装软件?
1. 了解conda - Linux的软件商店(听说很好用)
Bioconda (http://bioconda.github.iominiconda)主要负责生信领域。
2. 下载 miniconda
(1) 通过百度或者谷歌搜索“miniconda 清华”-也就是清华的conda镜像网站
(2) 查看服务器是多少位的:输入命令 uname -a
(3)新建并进入 biosoft文件
(4)用wget 命令下载miniconda
(5)安装miniconda
(6)激活并添加镜像 source ~/.bashrc
(7)查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list并搜索conda软件fastqc
conda search fastqc 进行中
(8)搜索完毕并安装软件 conda install fastqc -y
安装软件:conda install 软件名称(ex.cutadapt)
软件更新 : conda update 软件名
搜索软件: conda search fastqc
安装特定版本软件: ex. conda install bwa=0.7.12
软件卸载: conda remove 软件名
conda 卸载 rm -rf ~/miniconda3
环境变量中去掉conda, vi ~/bash_profile 删除conda路径,退出保存(:wq)
(9) 卸载软件 conda remove fastqc -y
(10)conda 环境 conda info --envs(目前只有一个)
(11)处理转录组数据。先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的,不是要你学python或者用它干什么)(时间问题,此部分为粘贴部分)conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
(12)查看目前的conda环境 conda info --envs, 激活新的conda环境 conda activate rna-seq,然后退出当前环境conda deactivate
开心!!!!