该款软件具体操作已发布《Nature Protocol》上，获取原文：点击此处获取
1. 研究微生物菌群常用的方法有三种：
1）Marker基因调研，以获得整体群落结构；
2）鸟枪法宏基因组，以了解微生物菌群的潜在功能；
3）宏转录组学，通过基因表达情况评估功能活性。
2. 微生物菌群数据对分析提出了几个关键的挑战：
1）每个样本的测序数据量的差异通常非常大，在进行有意义的统计分析之前需要适当的数据规范化；
2）丰度表中，低分类学水平物种通常非常稀疏。这种稀疏可能是由于样本采集或真实存在的物种缺失带来的；
3）微生物菌群数据是可以分组化的。
3. MicrobiomeAnalyst是一款基于网络的分析工具。
微生物研究人员无需事先编写代码就可以轻松地对微生物菌群数据进行全面的统计分析、交互式可视化和荟萃分析。用户可以从众多成熟的方法中进行选择，并实时探索结果，以便更好地了解他们的数据。
该款软件的总体分析流程如下：
分析流程图
