赫拉克利特从毕达哥拉斯的和谐概念出发，发展出一个新的理论，这也是他对哲学的卓越贡献，他的观点是，真实世界在平衡调节中包含了对立的倾向。根据不同的量度，在对立双方的冲突的背后，世界存在着一种潜在的和谐。
通常，这种普遍性概念不是轻易显露出来的，因为“自然喜欢隐藏自己”。的确，他在某种意义上似乎坚持认为，和谐的东西肯定不是立刻能够引人注目的。“潜在的和谐优于公开的和谐”。实际上，人们往往会忽视和谐的存在，“人们不知道事物是怎样实现对立统一的。这是一种对立的、紧张的和谐，就像弓与七弦竖琴一样”。
因此，冲突就是使得世界保持生机的原动力。“荷马说过，‘如果神灵和人之间再也没有冲突该多好啊！’但他错了。他没有看到他是在祈求宇宙的毁灭，要是他的祷告能够被听见的话，万物都将消亡。”我们应该从逻辑学的角度，而不是按照军事准则来理解他的“战争乃万物之父”的论断。
这种观点是想要强调“火”这种重要而基本的物质。他在原则上而不是在细节上，继承了米利都学派的思想。
他说：“万物皆可比做火，火亦能比做万物；犹如货物可以换黄金，黄金也可以换货物一样。”这种商业性的比喻阐释了该理论的观点。
一盏油灯的火苗看上去是固定不变的，但在整个过程中，油不断地被吸取，然后转换为火焰，油烟随着燃烧而落下，因此，世界上一切事物的发展都是这种转换的过程，没有什么东西能够保持原样。“人不能两次踏入同一条河流，因为在你面前流动的总是新的河水。”正是由于这种解释，后世的作家们才把“万物流变”的名言归于赫拉克利特。
苏格拉底还给赫拉克利特及其信徒起了一个绰号，叫“流动者”。
把赫拉克利特的这一名言与其另一名言进行对比，后者是：“我们既踏入又没有踏入同一条河流，我们既存在又不存在。”表面上看，这句话似乎与他的前一句名言不大一致，但这只是同一理论的不同表达而已。线索就在于它的后半部分。“我们存在又不存在”这听上去有些令人费解，其实它的意思是，我们的存在既是稳定的，又时刻在变化着。用柏拉图后来创造的话来说就是，我们的存在是一种不断的形成。还是以河流为例，如果我今天踏入泰晤士河，明天再踏入一次，虽然我踏入的都是泰晤士河，但第二次的河水已经与第一次不同了，我想这种观点再清楚不过了。
另一种说法也论述了这种观点，即“上坡路与下坡路是同一条路，没有什么区别”。我们都观察过火苗的情况：油被吸上灯芯，烟尘落在地上，两者都是燃烧过程的一部分。首先，我们必须从字面上来理解这种观点。一条坡路既向上又向下，是上坡路还是下坡路，取决于你怎么走，赫拉克利特的对立理论提醒我们，那些表面上看来有冲突的因素，实际上却代表了事物的本质部分。
关于这一点，最鲜明的一个表述就是“善恶一体”。这当然不是说善恶是一回事；相反，就像一个人不可能设想一条没有下坡的上坡路一样，我们也不可能在不理解恶的情况下去理解善的概念。如果你将坡铲平，在消除了上坡路的同时，你也就消除了下坡路；对人来说，善恶也是如此。
看来，“万物流变”的理论其实不是什么新思想，阿那克西曼德就曾经提出过十分类似的观点。但是，赫拉克利特对事物为什么会保持同一的解释却领先了米利都学派一步。量度的主要概念源自毕达哥拉斯。尽管事物在不断地变化，但由于保持了适当的量度，因此仍能维持原样，这一点无论是对于人还是对于世界都是正确的。
自然界的事物根据量度而发生转化。同样，在人的灵魂中也有着干与湿的变化。湿的灵魂如果没有火的抑制，就会堕落，而且有毁灭的危险；这一点大概可以通过观察醉酒的人得到验证。另一方面，“干的灵魂是最智慧、最优秀的灵魂”，尽管我们不应该错误地对它过分赞誉。过量的“火”和过多的“湿”一样，也会扼杀灵魂。但毁灭于火似乎让人觉得更为光彩，因为“死得越壮烈，美名就越盛”。我们可以想到，这是由于火是永恒的物质，“这个世界对于万物都是一样的，既不为人而创造，也不为神而创造；它在过去、现在和将来都只是一团永恒的火，按照某种量度燃烧和熄灭”。
自然的种种演变过程无不遵循各自的量度。“不公正”不是因为对立双方的冲突，而是因为对量度的漠视，“太阳不会超出它的量度”。但是量度并不是绝对严格的，只要它没有超出界限，这可以用来说明某些周期现象，如日夜更替、人的清醒与睡眠以及其他类似的变化。
奥林匹亚教和俄耳浦斯教的仪式和献祭并不能使人变得善良，宗教仪式活动肤浅而原始的特性是“为了净化灵魂，他们徒劳地往自己身上涂抹鲜血；就像一个跳进泥坑的人企图用污泥洗净双脚一样。任何人看到这种行为，都肯定会说他是疯子。”善是不可能以这种方式得到的。
但是，智慧却可以通过掌握事物的基本规律来获取，这个规律就是对立双方的和谐，它无所不在，产生万物。
如果我们认识不到这个规律，那么任何学习都是毫无用处的。“学习了很多事物并不等于学会了理解那些事物”。这种观点也是黑格尔辩证唯物的重要组成。
要想拥有智慧，就必须掌握基本规律，这个规律适用于一切事物。我们必须遵循基本规律，就像城市必须依法行事一样。是的，我们甚至必须更为严格地遵循它，因为共同的规律具有普遍性，而不同的城市可以有不同的法律。因此，赫拉克利特坚持共同性的绝对特征，反对当时基于对不同民族的不同习俗进行对比而建立起来的相对主义概念。他的学说与诡辩家的实用主义观点相对立，后来，毕达哥拉斯在其论述中将它说成“人是万物的量度”。
