上文我们说到，阿那克西曼德与阿那克西美尼均关注了这样一个问题，即本原如何变化成万物。阿那克西曼德的答案是“不定”在运动中分裂成对立面而形成万物，阿那克西美尼的答案是“气”通过稀散和凝聚实现聚集状态（量的多少）的改变形成万物。这些转化思想都暗含了一种假设：没有事物能够绝对地生成或者被消灭，即世界是在“多”和“一”中不断转化。
然而，在本原（即“一”）的问题上，米利都学派的思想家预设了“变化”的存在，即他们是在“变化”的基础上，再来追问背后的不变本原。之后的哲学家却对这一假定前提提出了质问：这一“变化”存在吗，即本原是静止的还是运动的，也就是上文提到的第一个问题古希腊哲学之前苏格拉底哲学（二）——阿那克西曼德与阿那克西美尼。他们把前人的预设当作了反思的对象。赫拉克利特的观点是，本原是不断运动的。
赫拉克利特认为本原并不是由稳定不变的“存在”构成的，而是由不断流变的“变成”构成。正如他的名言所说：“人不能两次走进同一条河流。”这体现了他的基本思想，即宇宙（万物）处在不断的变化之中了，即万物皆流，无物常驻。
赫拉克利特选择了“永远不会熄灭，永远活动”的永恒的火作为本原，这是因为他认为火具有精致、易变的特征，拥有渗透万物、毁灭万物的力量。他将世界的多样性统一于一种变动不居、能变生各种异质事物的具体物质，是对米利都学派的古代朴素唯物主义思想的继承和深入的发展。
“这个有秩序的宇宙对万物都是相同的，它既不是神也不是人所创造的，它过去、现在和将来永远是一团永恒的活火，按一定尺度燃烧，一定尺度熄灭。”
这句话中的“尺度”在这里有着特别的意思。赫拉克利特认为万物是永远变动的，而这种变动是按照一定的尺度和规律进行的，于是乎回答了上文的第二个问题古希腊哲学之前苏格拉底哲学（二）——阿那克西曼德与阿那克西美尼，这个规律就是“逻各斯”。“逻各斯”就是在所有有生有灭的对象背后支持着这些对象变化的基本原则，或者说是不同力量之间的相互作用。简单地说，逻各斯就是将对立面进行统一，并使之和谐的规律。逻各斯不仅是世界万物运动变化的原理原则，也是人摒弃感觉经验，通过理性思维所把握的世界规律。
从逻各斯中，赫拉克利特发现了从中包含了对立统一的规律。他认为永恒运动是相反者之间的永恒斗争，对立的差异消融在最高的和谐之中。世界的和谐正是在相反中而成。每一个事物都是对立性质的统一体。正如他自己所说：“战争是万有之父和万有之王。如果没有斗争和对立，世界就会消亡——停滞或者毁灭。对立和矛盾统一起来才能产生和谐。……生与死，梦与醒、少与老，是同样的东西。后者变化，就成为前者，前者变回来，则成为后者。”因此列宁称其为辨证法的奠基人。同时，这也是成为了他崇尚战争的原因。因为有对立就有战争，有战争就有运动，有运动就会有转化和永恒。因为存在对立，人们得以获得和谐和永恒。
综上所述，我们可以将赫拉克利特的观点归结为如下几句：1、万物处于流动状态之中，但是；2、变化是根据一种不变的规律（逻各斯）发生的，并且；3、这种规律包含了对立面的相互作用，但是；4、这种对立面相互作用的方式，为一个整体创造出了和谐。
赫拉克利特常常被称为“哭泣哲人”。他说：“一切都存在，同时又不存在，因为一切都在流动，都在不断地变化，不断地产生和消失。”琉善用赫拉克利特的口吻说道：“没有任何东西是稳固不变的，万物混乱地相互结合，快乐与痛苦、知识与无知、伟大与渺小，全都相同，在时间的流逝中循环往复，流转无穷。这一切都让我感到悲伤。”这一悲剧思想为后续的悲观主义文学色彩奠定了基础。约翰·马歇尔在《希腊哲学简史》中将此观点做了乐观的评述，“凡人的至善就是保持清醒的知觉，通过了解时间中的善恶流变，环境中的动乱与张力，学会理解永恒的统一与和谐。人类的至德在于，无论生命如何受命运摆布，有多少变动，都要保持平和与坚定。”
“时间就是一个玩骰子的小孩”，充满随机，随时处于变化之中。但是在埃利亚学派眼中，这世界确是另一幅样子。预知观点为何，且听下文再叙。
