2020年4月16日 
Day3：Linux环境下的软件安装
今天的主要学习内容是：Linux如何安装软件？
DAY3：Linux环境下的软件安装
一、何为Conda?
- Linux下最方便快捷的软件下载器
- 作用相当与App Store（应用商店）
- >90%软件能在conda中一键安装
- 日常生信使用小而精的Minicoda
图片来源于生信星球
二、如何下载Miniconda?
1. 查看服务器是64位还是32位
- 命令：uname -a（或者uname -m）
-
64-bit (x86_64)、32-bit (x86) 查看服务器位数
2. 搜索清华的Conda镜像网站
-
Google搜索“miniconda 清华”
-
进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda
-
找到Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，右键复制链接
-
登陆服务器，进入biosoft目录，使用wget下载
三、如何安装和配置Miniconda?
1. 使用bash安装minicond
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash-1
bash-2
bash-3
bash-4
2. 激活Conda
- source ~/ .bashrc
-
conda source ~/ .bashrc & conda
3. 添加镜像
- 使用清华的镜像
#清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
![]()
Add mirror
Add mirror
四、如何使用Miniconda?
1. 查看当前所有软件列表
-
conda list
conda list
2. 搜索软件
-
conda search fastqc
conda search fastqc
3. 安装软件
-
conda install fastqc -y
conda install fastqc -y
4. 卸载软件
-
conda remove fastqc -y
conda remove fastqc -y
