2020年4月16日 Day3：Linux环境下的软件安装

今天的主要学习内容是：Linux如何安装软件？

DAY3：Linux环境下的软件安装

一、何为Conda?

• Linux下最方便快捷的软件下载器
• 作用相当与App Store（应用商店）
• >90%软件能在conda中一键安装
• 日常生信使用小而精的Minicoda
  
  图片来源于生信星球

二、如何下载Miniconda?

1. 查看服务器是64位还是32位

• 命令：uname -a（或者uname -m）

• 64-bit (x86_64)、32-bit (x86)
  查看服务器位数

2. 搜索清华的Conda镜像网站

• Google搜索“miniconda 清华”

• 进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda

• 找到Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，右键复制链接

• 登陆服务器，进入biosoft目录，使用wget下载

三、如何安装和配置Miniconda?

1. 使用bash安装minicond

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

bash-1

bash-2

bash-3

bash-4

2. 激活Conda

• source ~/ .bashrc

• conda
  source ~/ .bashrc & conda

3. 添加镜像

• 使用清华的镜像

#清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

Add mirror

四、如何使用Miniconda?

1. 查看当前所有软件列表

• conda list
  
  conda list

2. 搜索软件

• conda search fastqc
  
  conda search fastqc

3. 安装软件

• conda install fastqc -y
  
  conda install fastqc -y

4. 卸载软件

• conda remove fastqc -y
  
  conda remove fastqc -y