conda 从入门到精通

conda是最常用的软件安装工具之一。conda能够解决程序依赖问题，可以快速的安装各种软件，把我们从安装软件的大坑中解放出来。

1. 查看conda的环境配置

conda config --show

conda有时候安装软件会非常慢，需要设置国内镜像。
设置conda的镜像

#设置清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
#设置bioconda
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
#设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes

2. 安装软件

conda能够自动的解决软件依赖问题，因此通过conda安装软件非常方便，减少了很多的工作量。
这里以安装最新版本的 R 为例，说明使用conda安装软件的过程。

首先搜索conda中提供的R版本

conda search R
# Name                       Version           Build  Channel
#r                              3.3.2        r3.3.2_0  conda-forge
#r                              3.4.1        r3.4.1_0  conda-forge
#r                              3.5.1          r351_0  conda-forge

然后安装对应的软件

conda install r

安装特定版本的R：

conda install 软件名=版本号

conda install r=3.5.1

最后可以更新已经安装的软件

conda update R

3. 在不同环境下安装软件

默认的用conda安装的软件，都会在系统目录中能够直接访问，但很多时候不同版本的软件的依赖关系不一样，需要设置单独的环境安装特定的软件。不同环境之间的软件互相不会干扰。

3.1设置一个新的环境

conda create -n myenv
#当程序依赖于python2是，使用python=2来设置python版本
conda create -n myenv python=2

3.2环境切换

#激活myenv环境
conda activate  myenv
#退出环境
conda deactivate

3.3删除环境

conda remove -n myenv --all

3.4导出环境
很多的软件依赖特定的环境，我们可以导出环境，给其他人重新还原环境。

#获得环境中的所有配置
conda env export --name myenv > myenv.yml
#重新还原环境
conda env create -f  myenv.yml

4. 清理anaconda缓存

conda clean -p      # 删除没有用的包 --packages
conda clean -t      # 删除tar打包 --tarballs
conda clean -y -all # 删除所有的安装包及cache(索引缓存、锁定文件、未使用过的包和tar包)

5. conda镜像设置问题

conda的镜像经常不能用，比如会报错：

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

UnavailableInvalidChannel: The channel is not accessible or is invalid.
  channel name: anaconda/cloud
  channel url: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
  error code: 404

You will need to adjust your conda configuration to proceed.
Use `conda config --show channels` to view your configuration's current state,
and use `conda config --show-sources` to view config file locations.


CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url [https://conda.anaconda.org/anaconda/linux-64/repodata.json](https://conda.anaconda.org/anaconda/linux-64/repodata.json)
Elapsed: -

最后参看了非常多的文章，发现只有最后参看清华的镜像才能解决问题。
Anaconda 镜像使用帮助

最后，将主文件目录下的 .condarc 修改成下面的内容：

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

6. 更新：可以设置阿里云的镜向

https://developer.aliyun.com/mirror/anaconda

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  msys2: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  bioconda: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  menpo: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  pytorch: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  simpleitk: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud