题目：Destin: toolkit for single-cell analysis of chromatin accessibility
DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz141
杂志/日期： Bioinformatics, 01 March 2019
关键词： scATAC-seq，GWAS
分类：「工具」
日期：2019年2月10日——2019-Week7
主要内容：
「Destin」用于scATAC-seq分析的一个R工具包，其中的一个亮点是分析GWAS结果是否与特定细胞类型集群中染色质可及性的增加有关，这里他们采用的是最初用于scRNA -seq表达的两种方法:ECWE和MAGMA。除此之外还包括：
- 从bam文件获取实验信息
- peaks的注释区域
- 质控
- 确定分群数量
- 差异可及性染色质
（其中输入文件是peaks，cell的bam文件）
总结
「Destin」用于sc-ATAC分析的一个R工具包，包括分群，与gwas关联，差异peaks分析等。
相关资料
- github : https://github.com/urrutiag/destin
题目： A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling
DOI: https://www.nature.com/articles/s41467-018-07771-0
杂志/日期： Nature Communications, 17 December 2018
关键词： scATAC-seq，
分类：「工具」
日期：2019年2月10日——2019-Week7
主要内容：
plate-based的scATAC-seq方法，结合了前期bulk Tn5单核分选标签。
相关资料：
代码：https://github.com/dbrg77/plate_scATAC-seq.
数据：bulk ATAC 和scATAC-seq :http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=dbrg77&hgS_otherUserSessionName=mSpleen_scATAC_cluster.
