chapter96-97 conda安装RNA-seq包及分析

使用conda安装可以避免版本不匹配问题

#安装R
conda install r
#安装deseq, deseq2, edgeR
conda install -y bioconductor-deseq bioconductor-deseq2 bioconductor-edger r-gplots

由于书上已经提供了使用以上三种包分析的R脚本，直接下载

curl -O http://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq1.r
curl -O http://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq2.r
curl -O http://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/edger.r
#运行示例
cat counts.txt | Rscript edger.r 3x3 > results_edger.txt