安装生信基本软件

1.安装miniconda

1.1 下载miniconda到目标文件夹

一般在哪安装就下载到哪个文件夹，安装的时候方便
直接复制命令：wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

1.2 安装miniconda

1.2.1输入：bash M
1.2.2敲击【Tab】将命令补全为：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
1.2.3一直不停【Enter】
1.2.4输入：yes
1.2.5继续不停【Enter】。

image.png

1.3设置channel

镜像的设置可以去他们网站获取合适自己的配置，如果使用的是ubuntu18.04.4LST也可以直接复制粘贴下面内容。我是清华不行就用中科大，中科大不行就用清华。
建议把镜像源都储存下来，当前使用的源失效后，直接cp其他镜像源，改名成.condarc就可以了。
虽然我在中科大网页上看到无限期停止服务，但是我现在用的就是中科大镜像.

中科大的镜像【1】
直接输入下面命令
添加USTC仓库镜像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
添加Conda 附加库镜像:
Conda Forge：conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
msys2：conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
bioconda：conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
menpo：conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/

清华的镜像
输入vi .condarc进入设置channel的文件

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

1.4卸载conda

先rm -rf ~/miniconda3卸载软件，再vi .bashrc删除conda的环境变量

1.5使用conda

查看当前服务器上安装的所有软件列表：conda list
搜索软件：conda search，比如（均以fastqc为例）：conda search fastqc
安装软件（默认最新版本）：conda install，比如：conda install fastqc
安装特定版本软件，比如1.07版：conda install fastqc=1.07
安装软件并默认所有问题回答yes-y：conda install fastqc=1.07 -y
卸载软件：conda remove fastqc -y

2.虚拟环境

它是一个虚拟化，从电脑独立开辟出来的环境。每一个环境都相当于一个新的操作系统。你可以在这个新的环境里安装软件，保存资料。
编辑系统环境：vi .bashrc
在文件最后一行写上export PATH=$PATH:[所在文件夹绝对路径]
退出编辑界面后，输入source .bashrc运行环境

3.conda环境

3.1查看环境

conda info --envs
查看环境列表：conda env list

3.2建立环境

• 建立名叫rnaseq的conda环境，python版本是3：conda create -n rnaseq python=3
• 如果建立环境的同时需要安装软件fastqc、trimmomatic可一步完成conda create -n rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y

3.3激活环境

激活rnaseq的环境：conda activate rnaseq

3.4退出当前环境

conda deactivate

3.5删除环境

删除rnaseq的环境：conda env remove -n rnaseq

引用：
【1】http://mirrors.ustc.edu.cn/help/anaconda.html