安装并使用micromamba

官网:Micromamba Installation — documentation (官网很清楚简洁)

预备

要求:We need curl and tar with support for bzip2. Also you need a glibc based system like Ubuntu, Fedora or Centos (Alpine Linux does not work natively).

缺bzip2,安装:

yum install bzip2

安装

curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba

配置环境

export MAMBA_ROOT_PREFIX=/data/software/micromamba/

eval "$(./bin/micromamba shell hook -s posix)"

./bin/micromamba shell init

使用micromamba安装软件

1、安装软件并生成新环境

micromamba create -n cnvkit cnvkit -c bioconda -c conda-forge

注意一定要设置-c channel(除非已加入默认channel),不然会报错:

配置默认channel:
micromamba config append channels conda-forge

micromamba config append channels bioconda

micromamba configsetchannel_priority strict

2、安装软件(不生成新环境)

1)激活micromamba,进入base环境

micromamba activate

2)安装

micromamba install csvtk -c bioconda

注:若没有第1)步激活,直接进入第2)步,则报错:

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