近年来，国家财政对农业不断加大投入，农业专项资金在加强农村基础设施建设，推进农业经济结构调整，增加农民收入，促进农村经济发展方面发挥了积极作用。笔者在相关审计中发现，在一些地方，农业专项资金在管理中也还存在诸多不容忽视的问题，需要有关方面高度重视并切实加以解决。
存在的问题
资金下拨不及时。有的主管部门未及时将财政专项资金拨付到项目单位，而是滞留在其二级单位，直接影响到项目实施进度。有的将资金集中在第四季度拨付，年底形成大量结余。一方面工程建设缺乏资金，另一方面大量资金又躺在“账上”，无法有效发挥使用效益。
专款未能专用。一是缺少专账管理。有的镇村将上级拨付的资金放在不同的科目内列支，没有实行专账管理。二是经费支出不规范。对于一些项目建设支出，如购置材料、工资发放等没有使用正规发票，而是打的“白条”，或者使用过期、非本门类发票列支。三是挤占挪用专项资金现象仍然存在。有的单位以经费预算不足为由，将农业专项资金用于弥补单位经费缺口，如用于招待费、燃油费以及办公费开支等；还有的将专项资金经费用于垫支其他项目经费，导致应实施的项目无法实施。
