rm(list = ls())
read.table('a.txt')
library(org.Hs.eg.db)
g2s=toTable(org.Hs.egSYMBOL)
g2e=toTable(org.Hs.egENSEMBL)
library(stringr)
a$ensembl_id=unlist(lapply(a$V1, function(x){strsplit(as.character(x),'[.]')[[1]][1]}))
b=merge(a,g2e,by='ensembl_id')
d=merge(b,g2s,by='gene_id')
View(d)
symbol ID转换
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。
推荐阅读更多精彩内容
- ----前不久拿到公司给的转录组测序结果,Gene ID是以ENMUST开头,查了一下,ENST为EMBL 核酸数...
- 使用R语言获取人类所有基因的名字,ID,symbol以及别名 参考https://vip.biotrainee.c...
- 接着上一个帖子,在总结出我说可以通过爬虫获得两个基因命名规则匹配的文本文件,但是肥肥让我想到了一个办法可以在网站上...