samtools flagstat：0 + 0 properly paired (0.00% : N/A)

一开始的脚本是这样的

cd /public/home/127-GWAS-202302/bam_files

cp /public/home/127-GWAS-202302/rawdata/N601_R1.fq.gz ./
cp /public/home/127-GWAS-202302/rawdata/N601_R2.fq.gz ./

fastp -i N601_R1.fq.gz -I N601_R2.fq.gz -o N601_1.fq.gz -O N601_2.fq.gz -h N601.html -j N601.json

#index /public/home/genome/rice/rice.fasta

#bwa mem——mapping
bwa mem -t 4 -M -P -R '@RG\tID:N601\tSM:N601\tLB:N601\tPL:Illumina' /public/home/genome/rice/rice.fasta N601_1.fq.gz N601_2.fq.gz |samtools view -bh -@ 28 -q 20 - > N601.bam

然后想统计有多少read比对到参考基因组上，就用samtools falgstat ，结果发现0 + 0 properly paired (0.00% : N/A)

image.png

！！！后来发现把 bwa 里的-P参数去掉就恢复了

image.png

原因是
-p 若无此参数：输入文件只有1个，则进行单端比对；若输入文件有2个，则作为paired reads进行比对。
若加入此参数：则仅以第1个文件作为输入(会忽略第二个输入序列文件，把第一个文件当做单端测序的数据进行比对)，该文件必须是read1.fq和read2.fa进行reads交叉的数据。