孟德尔随机化分析(MR)典型实例:大胸女生与不爱运动之间的关系
孟德尔随机化是利用基因型数据来研究两个表型之间是否有因果关系。
可以使用GSMR包来进行MR分析。
基于TWAS的孟德尔随机化分析工具 PMR 论文 PMR github
PMR是用于转录组关联研究(TWAS)中两个样本MR分析的有效统计推断的R包
TWAS的前景和现状 2019.03 NG
TWAS 2019.03 NG
全转录组分析实战代码
TWAS是基于GWAS的结果,但是因为转录组中基因表达部位的特异性,可能会造成假阳性。例如:本来是在叶片中发挥作用的基因,但是转录组测的部位却是花药,就会有偏差。
使用孟德尔随机化包TwoSampleR的报错问题汇总:
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Error in r$status_code : $ operator is invalid for atomic vectors
遇到这个报错是因为没有加载ieugwasr这个包。
library("ieugwasr")
加载之后即可。
2.运行bmi2014_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')
报错如下:
Server code: 502; Server is possibly experiencing traffic, trying again...
这个报错,是无法访问在线服务器。首先打开 http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/这个链接,如果不能访问,就是这个网站的服务器的问题。
使用ieugwasr::tophits("ukb-a-114")
这个命令可以看到完整的报错信息。