【plink --epistasis】解决Error: --epistasis requires at least two cases and two controls.

plink --fast-epistasis 只能分析二分类的表型

plink --epistasis 可以分析多分类或者连续性的表型

需要准备

1、将vcf文件转换为ped、map或者bed、bim、fam文件

2、表型文件

具体参考:[https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/13813946.html]

可能会遇到报错:

Error: --epistasis requires at least two cases and two controls.

这可能是因为表型文件和ped文件中的FID与IID没有完全对应,表型文件与ped文件中的FID与IID完全对应之后这个问题就解决了

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容