本ubuntu发行版本为16.04。以群体结构分析软件admixture安装为例。
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下载软件,一般下载的软件为tarball压缩格式
wget somehttps
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软件下载完进行解压,可选择解压到指定目录
sudo tar -jxv -f admixture.tar.bz2 -C /usr/local/src #如果是gzip压缩格式则用-zxv来进行解压即可
此时解压后目录/usr/local/src/admixture
下绿色的admixture文件即为可执行程序,有的复杂的需用make
编译。要执行程序的话只需在相应目录下./admixture
即可执行文件,但是这样比较麻烦,每次执行都需要切换到此目录。
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为了方便以后的使用可创建软链接(也即Windows下的快捷方式),然后添加到bash配置文件
~/.bashrc
中,如此便可以在该bash
中跟使用shell
命令一样直接调用该程序。
ln -s /usr/local/src/admixture/admixture /home/user/biosoft/admixture
# /usr/local/src/admixture/admixture中前一个admixture为目录,后一个为可执行文件
echo alias admixture=/home/user/biosoft/admixture >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
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也可建立软连接至
/usr/local/bin
下,这样以后也可以直接使用,更方便的是这样安装一次以后多个用户都可以使用的。
$ ln -s /usr/local/src/admixture/admixture /usr/local/bin/admixture