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 bioconda文档
conda作为环境管理器，可以轻松安装各种软件如：R,python以及其中的各种包。最关键的优点是能自动解决软件的环境依赖问题，而且可以实现不同版本的软件。
常用的conda有Anaconda和miniconda
使用Anaconda可以安装bionconda

下载Anaconda,安装
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
运行脚本，根据提示可以自己修改安装目录，也可以使用软件推荐的目录。会自动选择你有访问权限的目录。
添加安装目录的bin到环境变量。

2.修改channels

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r

conda的配置文件在~/.condarc

创建R环境

# 创建新的环境，命名为r
conda create -n r
#switch to r
source activate r
#install r 
conda install -c r r
#Install ggplot 
conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot
#

# -c: 表示实际需要运行的命令
# -e: 表示需要启动的软件环境，也就是上面conda create建立的环境
# -b：一般不需要指定，如果conda没在环境变量中需要给出conda的安装路径
conda_env_run.sh -c  'ete3 -h mod' -e phylo

conda_env_run.sh -c  'bwa mem -h' -e aligner -b "/usr/local/anaconda2/bin"
conda_env_run.sh内容如下

#!/bin/bash

#set -x

usage()
{
cat <<EOF
${txtcyn}

***CREATED BY Chen Tong (chentong_biology@163.com)***

Usage:

$0 options${txtrst}

${bldblu}Function${txtrst}:

This is designed to run conda program in given environment. It will automatically activate the environment, run the program and deactivate the environment.

Thress commands from conda, 'activate', 'conda', 'deactivate' must be in PATH or you should spcify <-b> parameter.

${txtbld}OPTIONS${txtrst}:
    -c    Full command to be run ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
    -e    Environment name${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
    -b    Conda path${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
EOF
}

command_cmd=''
environment=''
conda_path=''

while getopts "hc:e:b:" OPTION
do
    case $OPTION in
        h)
            echo "Help mesage"
            usage
            exit 1
            ;;
        c)
            command_cmd=$OPTARG
            ;;
        e)
            environment=$OPTARG
            ;;
        b)
            conda_path=$OPTARG
            ;;
        ?)
            usage
            echo "Unknown parameters"
            exit 1
            ;;
    esac
done

if [ -z ${environment} ]; then
    echo 1>&2 "Please give command and environment."
    usage
    exit 1
fi

if ! [ -z ${conda_path} ]; then
    export PATH=${conda_path}:${PATH}
fi

source activate ${environment}
${command_cmd}
source deactivate ${environment}

conda的使用方法

#创建环境
conda create --name CrossMap
#激活环境
source activate CrossMap
#安装CrossMap
pip install CrossMap
#返回主环境
source deactivate CrossMap
#删除一个名字时py34已有的环境
conda remove --name py34 --all
#查看系统所有环境
conda info -e
#查看已经安装的库
conda list
#查看指定环境CrossMap已安装的包
conda list -n CrossMap
#搜索package的信息
conda search numpy
#安装numpy到指定的CrossMap环境，同时指定channel
-n 指定安装到的环境，缺失代表安装到当前活跃的环境
-c 指定安装的channel，也可以不指定
conda install -n  CrossMap numpy -c https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
#更新  package
conda update -n CrossMap numpy
#删除package
conda remove -n CrossMap numpy 
#更新conda
conda update conda
#更新python
conda  update python

conda更换其他的国内源

有时候某个国内源可能无法访问，或者例如清华源使用人数过多等造成连接缓慢
手动编辑~/.condarc文件或者conda config --show-sources查看当前的config的channel信息

北京外国语的conda镜像

channel_alias: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda
channels: []
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
default_channels:
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
show_channel_urls: True
report_errors: True

阿里云的conda镜像

channel_alias: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/
channels: []
custom_channels:
  conda-forge: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  msys2: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  bioconda: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  menpo: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  pytorch: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
  simpleitk: http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud
default_channels:
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/msys2
show_channel_urls: True
report_errors: True

每次更新后conda clean -i即可清除旧的channel.

conda的包冲突的问题

因为平时习惯直接安装在base环境下，结果导致冲突。报错信息如下：
The following packages are causing the inconsistency:
出现这条信息下面会给出冲突的软件名称，这个时候把冲突的软件卸载即可。
conda remove inconsistent注意这里的inconsistent换成上面报错冲突的包的名称

conda clean --all
conda update -n base conda

conda的安装使用