人与动物不同主要是人具有自主意识，知道自己的存在、死亡，也能对自己的存在、行为方式进行思考，并且自我调整行为、思维方式。经过一代代科学家们的努力研究，人们对人的思维方式是如何运作的，有了许多进步。较为遗憾的是，仍然有很多关于思维的密团困挠着我们，其中最大的密团是思维的基本运行模式。今天我来做一个基本的讨论，以期抛砖引玉。
人的大脑主要由大量的神经元细胞组成，数量大约有800多亿个。神经元细胞之间由轴突和树突互相连接，形成突触，数量多达惊人的100万亿多个。这些神经元细胞各不相同，每类细胞都有特殊的功能。有的负责记忆，有的负责滋养，还有的负责清理大脑的废物(吞食死亡的神经元细胞)。前面讲的主要是大脑的基础生物结构。当然大脑的神经元细脑还会组织成不同的功能区，负责人的呼吸、运动、记忆、情感等等。总之大脑是一个十分复杂的组织，我还不具备彻底了解清楚的知识，今天我们主要讨论与思维相关部分。
首先当我们经历了一些事情之后，我们大脑会将部分经历的事物贮存在神经元细胞中。所被贮存的信息是随机的，根据每个人的兴趣爱好而有所不同，但与情感有关、有逻辑或与熟悉信息相关的信息更容易保留下来(例如被别人责骂会让我们愤怒，这个信息就容易贮存下来，即使过了许久我们仍然愤愤难平)。有时候被我们高度注意或反复强化的信息也会保留下来。贮存信息的时候也是随机存放，一个信息被随机放到了若干个神经元细胞里面(也有研究表明人的其它细胞也具备信息贮存功能，但这还没有得到充分证明，这里就不作探讨了)。
其次，当我们遇到一个问题，大脑开始思考，那些被贮存在神经元细胞内的信息被大脑读取出来。例如当我们想到做饭，与做饭的记忆被调动起来。我们可能会想到妈妈做的饭，或者某个美味的食物，如何做饭等等。有一类神经元细胞专门负责调动这些信息，但并非每次都能如约找全信息，有时候会遗漏许多信息，甚至也会调动一些无关的信息，造成我们思维混乱，产生错乱。一些人受伤或受过打击，思维出现混乱，难以组织成有逻辑规律的信息，给人以胡言乱语的印象，便与上述原因有关。
最后，调动记忆需要重新整理，形成新的一些逻辑关系。这个新逻辑经常是由我们要解决的问题来决定。还用做饭举例，我们把饭菜、刀、火、灶具、手、口等信息用一定的顺序连起来，形成了一个特定的秩序，这便是一个思维过程。需要我们注意的是，当大脑提取某个信息的时候，会对这个信息进行评估、判断，产生一些情感上的因素。例如吃饭这个信息，可以让我们产生愉悦的心情，但也可以产生愤怒(某次不愉快的进食体验)，具体要视大脑所处的场景而定。
现实中的大脑是一个十分复杂的机体，它的运行机制要远比上述复杂。现有的物理学、生物学还不能完全解释清楚，但我们找到了了解大脑的一个入口，即人脑受基因遗传影响，也受文化(风俗、政治、宗教等)的影响。沿着这两条道路，人类科学家们还在不断探索，相信未来某一天能完美复原大脑的运行机理来。
